eccDNAdb：染色体外环状DNA数据库

染色体外环状DNA（Extrachromosomal circular DNA，eccDNA）是源自但独立于染色体DNA的环状DNA分子,在癌症中的普遍存在，并且在癌基因扩增和肿瘤进展中起关键作用。通过全基因组测序（WGS）可以鉴定eccDNA（本公司提供WGS测序服务）。eccDNAdb使用TCGA和CCLE下载的基因表达和临床数据研究eccDNA在癌症中的作用。eccDNAdb目前包括1270个eccDNA，在分析了包括患者组织、患者来源的异种移植物和癌细胞系在内的总共3395个肿瘤样本（57种癌症）后，在480个样本（42种癌症）中鉴定了这些eccDNA。共有54901个eccDNA基因被注释并包含在数据库中。通过整合基因表达、临床信息和染色质可访问性数据，eccDNAdb使用户能够轻松确定eccDNA在人类癌症中的生物学功能和临床相关性。http://www.eccdnadb.org/

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在该模块可以浏览eccDNA信息，如：测序样本、疾病、eccDNA染色体位置来源等。

点击“ID”跳转至详细信息界面，可以进一步了解eccDNA在不同疾病、细胞中的表达情况。

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该模块可以根据用户需求使用不同关键词进行搜索：eccDNA ID，基因名、癌症类型、样本类型

以“Cancer”为例，输入癌症名称如“Breast cancer”，点击“Search”后在页面下方显示搜索结果：

l  GB

该模块可以对不同癌症样本中含有eccDNA的区域的染色质可及性进行可视化。