缺氧信号通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信号通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信号通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
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缺氧信号转导通路PCR芯片可检测响应低氧水平的84个基因的表达，可用于研究实验样品中缺氧信号通路的活性状况。氧气对有氧能量代谢过程，如氧化磷酸化是必须的。在真核细胞中，通过细胞缺氧诱导因子（HIF）转录激活缺氧信号转导通路，从而形成缺氧条件。HIF异二聚体由一个β亚基和表达受到严格调控的三个α亚基异构体中的一个组成。氧的存在激活羟脯氨酰羟化酶，催化HIF羟基化，并导致其多聚泛素化和降解。在缺氧条件下，羟脯氨酰羟化酶失活，允许HIF聚集，启动靶基因的表达。缺氧诱导靶基因表达介导多种生物功能，如血管生成，造血和维护血管张力，为组织提供或更新血液和氧气。缺氧信号失调通常发生在肿瘤血管生成和慢性炎症等疾病中。联合应用多种实验方法，如表达研究，染色质免疫沉淀（ChIP），以及生物信息学分析预测转录因子结合位点，已经找到了数以百计的HIF靶基因。芯片中包含了HIF信号转录因子、HIF相互作用的蛋白、多种方法找到的高度相关的HIF靶基因，以及16个实验得到的与缺氧信号通路有关的关键生物标记物基因。通过这16个基因的相对表达水平和分类算法可以得到一个通路活性分数，这个分数可用于分辨实验样本缺氧信号通路的活性状况。通过实时定量PCR的方法，研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测缺氧信号通路的活性，分析缺氧信号通路相关的基因表达。 HIF1 & Co-Transcription Factors: ARNT, COPS5, HIF1A, HIF1AN, HIF3A, HNF4A, NCOA1, PER1. Other HIF1 Interactors: APEX1, EGLN1, EGLN2, NFKB1, P4HA1, P4HB, TP53. Responsive Genes: Angiogenesis: ADORA2B, ANGPTL4, ANXA2, EGR1, EDN1, EPO, F3, GPI, HMOX1, JMJD6, LOX, MMP9, PGF, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), VEGFA. Coagulation: ALDOA, ANXA2, F10, F3, F3, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), SLC16A3. DNA Damage Signaling & Repair: ATR, MIF, NDRG1, RUVBL2. Metabolism: ALDOA, DDIT4 (REDD1), ENO1, ERO1L, GBE1, GPI, GYS1, HK2, LDHA, PDK1, PFKFB3, PFKFB4, PFKL, PFKP, PGK1, PKM2, SLC2A1, SLC2A3, TPI1. Regulation of Apoptosis: ADM, BNIP3, BNIP3L, DDIT4 (REDD1), IER3, MIF, NOS3 (eNOS), PIM1. Regulation of Cell Proliferation: ADM, BLM, CCNG2, EGR1, IGFBP3, MET, MIF, MXI1, NAMPT, NOS3 (eNOS), ODC1, PGF, PIM1, TXNIP. Transcription Factors: BHLHE40, FOS, RBPJ, USF2. Transporters, Channels & Receptors: SLC2A1, SLC2A3, SLC16A3, TFRC, VDAC1. Other Responsive Genes: ANKRD37, CA9, CTSA, DNAJC5, EIF4EBP1, LGALS3, MAP3K1. Pathway Activity Signature Genes: ALDOC, ANGPTL4, ANKRD37, BHLHE40, BNIP3, BNIP3L, CA9, FAM162A, HK2, LDHA, NDRG1, P4HA1, PFKFB4, PGK1, SLC2A3, VEGFA. |
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