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microRNA靶基因分析croRNA靶基因分析

芯片差异microRNA靶基因分析
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                             芯片差异microRNA靶基因分析
分析方案一
1.通过搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大数据库得到差异microRNA调控的所有靶基因。
2.通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行GO显著性功能分析,得到具有显著性、低误判率、靶向性的GO功能集以及对应的靶基因。

3.通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行KEGG Pathway显著性分析,得到具有显著性、低误判率、靶向性的KEGG Pathway以及对应的靶基因。

4.通过对靶基因的显著性GO功能集分析和显著性Pathway分析,将GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
5.根据第4步得到的靶基因构建差异microRNA与靶基因的调控网络,得到网络中起核心调控作用的microRNA和被microRNA调控的关键靶基因。

分析方案二
1.通过TargetScan, Mirbase, Miranda预测单个microRNA靶基因。
2.三个软件预测的前200个靶基因,两两之间取交集选取共同靶基因。
3.每个软件前50个靶基因与另外两个软件预测的所有靶基因相比,选取共同靶基因。
4.三个软件预测的前10个靶基因,如不在基因列表之内的,则加入列表中。
5.根据第4步得到的靶基因进行显著性GO功能集分析和显著性Pathway分析,将GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
6.所得靶基因根据三个软件总得分排序(各自得分做标准化相加)。
7.根据第5步得到的靶基因构建差异microRNA与靶基因的调控网络,得到网络中起核心调控作用的microRNA和被microRNA调控的关键靶基因。


   



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