lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析实验
功能实验 1、LncRNA定量PCR 2、LncRNA原位杂交 3、5’-RACE, 3’-RACE实验(lncRNA全长扩增实验) 4、lncRNA干扰实验 5、lncRNA过表达实验 需要先通过5’-RACE实验找到lncRNA转录起始位点 6、lncRNA细胞功能实验 细胞增殖、细胞凋亡、细胞周期、细胞迁移 生物信息学分析 一、差异lncRNA靶基因预测 lncRNA的靶基因较为复杂,主要分为正式和反式两种作用机制.lncRNA作用机制与miRNA类似,均可以通过调控相应的mRNA来行使功能,所以靶基因的预测在科学研究中都显得非常必要。 二、靶基因Gene Ontology分析 我们将靶基因向gene ontology数据库的各节点映射,计算每个节点的基因数目. 三、靶基因Pathway分析 信号通路分析需要完备的注释信息支持，通过整合KEGG、Biocarta、Reactome等多个数据库的信息可以精确检验来进行Pathway的显著性分析。 四、lncRNA与调控基因的表达机制 通过整合lncRNA的信息和靶基因之间的关系,我们可以得到一个lncRNA与靶基因之间的调控网络图. 五、 转录因子结合位点预测 对于差异表达lncRNA，提取转录起始位点上下游序列,使用预测程序对其转录因子结合位点进行预测. 六、基因关联分析 现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针,通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯片上mRNA的表达结果做关联分析,可以更进一步的分析lncRNA的功能。 七、信号通路调控网络构建（Pathway-Act-Network）： 实验中基因同时参与了很多Pathway，通过构建信号通路调控网络，从宏观层面看到Pathway之间的信号传递关系，在多个显著性Pathway中发现受实验影响的核心Pathway，以及实验影响的信号通路之间的调控机理。 八、lncRNA的功能分析 根据lncRNA最新的功能数据库，利用生物信息学工具，做出Function-Tar-Net图表，从而得出lncRNA与功能的关系。 |
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