想研究snoRNA无从下手？好用的snoRNA数据库甩过来

最近的小编给大家“洗脑”了许多核仁小RNA(snoRNAs)的研究与前景，可是很多人谈到snoRNA却又无从下手，今天小编给大家安利两个snoRNA的数据库，帮大家拨云见日。首先，我随手丢给大家一个“史努比”snopy（http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/snorna_db.cgi），这个snoRNA的数据库的特点就是简单，点击search选择种属，box的类型等以及靶RNA,或者直接关键词搜索直接就能得到snoRNA的序列，长度，box的保守序列以及靶向RNA的位点等信息，很原始很直接有木有！

咳咳，有小伙伴要讲了，我要研究snoRNA与肿瘤的，你就给我看这个？不急，万能的小编就给大家介绍个研究snoRNA的神器—snoRIC,它来源于2017年11月份发表在cell上的一篇名为“A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer” 的文章，研究者通过对TCGA数据库的分析，系统地调查了超过10,000个snoRNA在31种癌症中的表达情况，并发现snoRNA在多种癌症中呈现显著的高表达图1。

图1 snoRNA在癌组织与正常组织中的差异表达情况

这不禁让小编想起了另一篇大神级别的文章，2015年发表在nature genetics（IF=27.125）的文章，研究人员比较了21种不同癌症类型中的5,473个肿瘤基因组及周围正常组织的基因组。研究人员发现在12种常见人类癌症，包括皮肤癌、乳腺癌、卵巢癌、肝癌和肺癌中，10-40%的肿瘤缺失一对称作为SNORD50A/B的snoRNAs（图2）。

图2 SNORD50A/B在泛癌中的表达下调

我们再回到这篇文章，进一步的分析发现，snoRNA的高表达与宿主基因（host gene）, CNV和甲基化等多种因素相关（图3）。

图3 snoRNA的高表达的相关因素分析

接着，研究者将TCGA中的测序数据与临床数据相结合，发现异常表达的snoRNA与癌症的亚型，阶段以及预后等信息息息相关，说明snoRNA参与了癌症的发生发展，并可能成为新的临床预后marker。

图4 snoRNA与癌症以及预后

并且作者挑选了几个候选者的snoRNA,并且通过细胞功能实验验证了其在肿瘤发生发展中的作用。

研究者将分析好的snoRNA数据变成了可视化的网页，对snoRNA感兴趣的小伙伴们可以通过登陆网站snoRNA in cancer (SNORic) (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/S N ORic )（建议使用谷歌浏览器）查找相关snoRNA与疾病的关系。

打开主页-点击snoRNA based anylysis-

输入snoRNA名称，选择肿瘤的不同阶段，点选差异表达分析或者生存分析，点击anylysis就能得到你想要的snoRNA与肿瘤的关系了，也很直白有木有！