想研究snoRNA无从下手?好用的snoRNA数据库甩过来
栏目:最新研究动态 发布时间:2018-10-25
最近的小编给大家“洗脑”了许多核仁小RNA(snoRNAs)的研究与前景,可是很多人谈到snoRNA却又无从下手......

最近的小编给大家“洗脑”了许多核仁小RNA(snoRNAs)的研究与前景,可是很多人谈到snoRNA却又无从下手,今天小编给大家安利两个snoRNA的数据库,帮大家拨云见日。首先,我随手丢给大家一个“史努比”snopy(http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/snorna_db.cgi),这个snoRNA的数据库的特点就是简单,点击search选择种属,box的类型等以及靶RNA,或者直接关键词搜索直接就能得到snoRNA的序列,长度,box的保守序列以及靶向RNA的位点等信息,很原始很直接有木有!

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咳咳,有小伙伴要讲了,我要研究snoRNA与肿瘤的,你就给我看这个?不急,万能的小编就给大家介绍个研究snoRNA的神器—snoRIC,它来源于2017年11月份发表在cell上的一篇名为“A Pan-cancer Analysis of the Expression and Clinical Relevance of Small Nucleolar RNAs in Human Cancer” 的文章,研究者通过对TCGA数据库的分析,系统地调查了超过10,000snoRNA31种癌症中的表达情况,并发现snoRNA在多种癌症中呈现显著的高表达1

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图1 snoRNA在癌组织与正常组织中的差异表达情况

这不禁让小编想起了另一篇大神级别的文章,2015年发表在nature genetics(IF=27.125)的文章,研究人员比较了21种不同癌症类型中的5,473个肿瘤基因组及周围正常组织的基因组。研究人员发现在12种常见人类癌症,包括皮肤癌、乳腺癌、卵巢癌、肝癌和肺癌中,10-40%的肿瘤缺失一对称作为SNORD50A/B的snoRNAs(图2)。

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图2 SNORD50A/B在泛癌中的表达下调


我们再回到这篇文章,进一步的分析发现,snoRNA的高表达与宿主基因(host gene), CNV和甲基化等多种因素相关(图3)。

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图3 snoRNA的高表达的相关因素分析


接着,研究者将TCGA中的测序数据与临床数据相结合,发现异常表达的snoRNA与癌症的亚型,阶段以及预后等信息息息相关,说明snoRNA参与了癌症的发生发展,并可能成为新的临床预后marker。

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图4 snoRNA与癌症以及预后


并且作者挑选了几个候选者的snoRNA,并且通过细胞功能实验验证了其在肿瘤发生发展中的作用。

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研究者将分析好的snoRNA数据变成了可视化的网页,对snoRNA感兴趣的小伙伴们可以通过登陆网站snoRNA in cancer (SNORic) (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/S N ORic )(建议使用谷歌浏览器)查找相关snoRNA与疾病的关系。

打开主页-点击snoRNA based anylysis-

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输入snoRNA名称,选择肿瘤的不同阶段,点选差异表达分析或者生存分析,点击anylysis就能得到你想要的snoRNA与肿瘤的关系了,也很直白有木有!

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