25分高分文章做了些什么---全基因组测序（WGS）

   鼻咽癌（NPC）是一种具有独特地理分布的恶性肿瘤，在全球大多数地方很少见，但在我国南方地区是一种非常常见的癌症，发病率可达20-40人/10万人/4年。
   爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）是一种与NPC、胃癌、淋巴瘤有关的人类病毒，对自发性淋巴母细胞系和EBV相关疾病的EBV基因组测序表明，不同地理起源的EBV分离株之间存在重要的基因组变异。因此，研究者希望通过EBV全基因组测序（WGS）寻找我国南方NPC高风险的EBV亚型，为确定NPC高危人群提供依据。

一、EBV全基因组测序+ Fine-mapping确定与NPC相关的EBV突变
研究者对270株EBV分离株进行全基因组测序，这些分离株包括自EBV相关癌症（NPC、胃癌、淋巴瘤）的分离株和来自我国NPC流行地区（广东省、广西省）的健康对照和非流行地区的健康对照。

从主成分分析看，EBV在PCA1的分布是连续的（从非洲、欧洲到亚洲），在PCA2的分布部分分离（亚洲NPC流行区、NPC非流行区）。从基因型看，BALF2的突变SNP162215、SNP162476、SNP163364为高风险基因型。

二、探索三种SNP与NPC的关系

对156例SNP和47例对照进行全基因组关联分析，发现SNPs 162507C>T, 162852G>T and 162215C>A 在NPC患者全基因组中呈显著差异。

进一步验证三个SNP与NPC的相关性，发现与162476T> C和163364C> T相比，SNP 162215_C不太可能成为NPC的风险变异体。
总结：
这一研究不仅发现了我国南方NPC高风险EBV亚型，还提供了一个新的研究方向：EBV亚型和SNP是如何促进NPC肿瘤发生的。