近年来,非编码RNA研究热潮兴起,随着研究的不断深入,非编码RNA的高分文章要求也就越来越高。然而,近日一篇测序为主的非编码RNA文章出现在了9分的杂志中。我们来看看是如何做到的吧:
研究者的研究对象是非编码RNA—tRF,一类相对来说少有研究的small RNA。研究者以tsRNA为切入点,发现在慢性淋巴细胞性白血病(CLL)中tsRNA ts-43、ts-44相对于正常B细胞中下调了3-5倍,这两个tsRNA均来自pre-tRNA His,而 tRNA His的tRF-5片段也显著下调。因此,研究者对CLL中成熟tRF表达水平进行了研究。
一、small RNA测序:研究侵袭性、惰性CLL中tsRNA
1.对测序数据进行分析,筛选出差异表达的tsRNA,结果如下图所示:
2.q-PCR验证tsRNA在临床样本中的表达
二、ts-43、ts-44前体tRF-5表达下调
三、根据small RNA测序数据,结合q-PCR分析成熟tRF表达情况
1.对测序数据进行分析:CLL tRF表达与正常B细胞的确存在差异
2.q-PCR在临床样本中进行验证
综上,研究者得出结论:成熟的tRF可能在CLL中行使致癌/抑癌的功能。
高通量测序、非编码RNA的研究在如今的科研中已相对“寻常”,但寻找一个相对较新的非编码RNA分子(如tRF、snoRNA)仍有可能发高分文章。