PIRCh-seq：一种检测与表观修饰相关的非编码RNA的组学检测技术

    lncRNA是一类长链（>200nt）非编码RNA，作用范围广泛且机制复杂。lncRNA不但可以与DNA、RNA结合行使功能，还可以与蛋白结合参与染色质表观修饰。目前，RIP、CLIP、fRIP等可用于染色质与RNA互作的研究，但是这些方法无法揭示哪些染色质与特定lncRNA相关，这也就限制lncRNA调控功能的研究。
    最近发表于《Genome Biology》的PIRCh-seq恰好解决了这一问题。该方法能够对组蛋白特定修饰下的染色质相关RNA进行分析。研究人员采用该方法已鉴定出数百种与染色质相关的RNA，分析后发现lncRNA在这些RNA中占多数，并根据其与特定组蛋白修饰的关联模式进行了分组。
    PIRCh-seq具体方法如下图所示：

    首先，采用glutaraldehyde处理活细胞进行化学交联，然后用甘氨酸淬灭（这一步是为防止染色质相关RNA的降解）。
    随后，提取染色质，超声破碎获得300-2000bp的片断，使用组蛋白修饰特异性抗体进行免疫沉淀。
    最后，除去残留的DNA、蛋白质，对RNA进行深度测序。
    研究者采用该方法对人、小鼠染色质相关RNA进行了研究，结果表明，非编码RNA尤其是lncRNA在染色质上富集。

    对富集的lncRNA按功能进行分类，可分为以下六类，但具体功能仍未明确：

    希望这一技术能够为染色质-RNA互作机制的研究注入新的力量。