肠道菌群数据库——gutMEGA分享

   不知从何时起，“遇事不决，量子力学；机制难寻，肠道菌群”这句话开始广为流传，根据近十年的研究文章结果来看，一直被人类忽视的肠道菌群的功能逐渐被大家认识到，成为影响宿主生命健康的重要变量，比如肿瘤的发生、免疫治疗的效果、抑郁症的治疗，都可以看到肠道菌群参与的身影。

   今天我们来讲一下肠道菌群数据库——gutMEGA，该数据库收集了迄今为止已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。数据库由中山大学肿瘤防治中心的研究团队收集和建立，发表的文章题目为gutMEGA: a database of the human gut MEtaGenome Atlas，发表在牛津学术旗下的Briefings in Bioinformatics期刊（影响因子8.99，中科院分区一区）。数据库网址：http://gutmega.omicsbio.info/。

   论文的主要内容我就不介绍了，主要讲一下数据库使用。进入主页后网页是这个样子。根据网站介绍，数据库共收集了6457个分类单元的59132个定量事件，共有776个不同条件，涉及7个不同水平（界、门、纲、目、科、属、种）。

   我们以克罗恩病为例进行（Condition）检索。检索结果是这样的，我们可以在Condition下面看到有24个词条选项，例如克罗恩病及正常对照，克罗恩病及溃疡性结肠炎等。可以在Log2Ratio里选择过滤条件。

   点击Detail中的“+”会出现以下界面，可以查看详细信息如下，包括这样研究来源PMID，研究所在地（数据库里还有比较不同国家之间肠道菌群差异）、测序方法和平台以及样本数等等，右边的世界地图可以让人直观的感受。并且网页中还有菌群在两个组别中的相对丰度差异结果。

   也可以点击Download下载数据，会得到输入的搜索条件下所有的结果，也方便大家进行手动检索。

   网站还有浏览模块（Browse），提供了一个逐项展示的界面供大家浏览肠道微生物。当方块为绿色时，点击会展示其结果。当方块为灰色时，表示其下还有子选项，会有新的下级选项。

   Condition这一栏，展示的是不同实验条件下的比较，例如寻常痤疮患者VS正常人。这个数据库包含的数据可不只有肿瘤，只要是已经发表了的研究，就有收集整理。

   数据库还可以针对样本进行筛选。

   网站还有搜索模块（SEARCH），与常见的网站一样可以搜索自己感兴趣的方向。

   今天的介绍就到这里，赶快自己挖掘想要的数据吧。