外泌体非编码RNA数据库——exoRBase

    外泌体和非编码RNA都是当下热门的研究领域，并且非编码RNA广泛存在与外泌体，也可以通过外泌体发挥生物学功能。外泌体是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡，含有不同种类的RNA，可以调节受体细胞的行为，并且可以作为疾病的循环生物标记物，在血液，唾液，尿液等多种体液中都广泛存在。

    今天我们介绍一个人类血液外泌体circRNA、lncRNA和mRNA的数据库exoRBase（http://www.exorbase.org/）。该数据库收集了七个实验的92个RNAseq样品信息，共有58330个circRNA，15501lncRNA和18333个mRNA。数据库收录的样本包括健康对照者32例，冠状动脉心脏疾病（CHD）6例，结肠癌（CRC）12例，肝细胞癌（HCC）21例，胰腺腺癌（PAAD）14例，乳腺癌2例。该数据相关文章发表在Nucleic Acids Research（IF=11.501）期刊上。

    打开数据库网站会出现一个简洁的页面，有一个搜索框，还有其他模块浏览，下载，搜索等。

    我们试着搜索一下，搜索KARS，会出现基因的信息，包括基因类型，相关circRNA，表达丰度，组织特异性，样本类型等。还会根据疾病组织表达情况绘制折线图，热图或者箱型图。

    相关circRNA点击后会出现如下信息，包括基因组位置，表达丰度，样本信息，在疾病中表达情况。也根据疾病组织表达情况绘制折线图，热图或者箱型图。

    浏览模块分为两部分，一部分是circRNA，另一部分是lncRNA和mRNA。我们以HCC为例检索先关circRNA表达。

    lncRNA与mRNA浏览界面与circRNA相似。

    该数据库还提供数据下载，有需要的可以自行下载。

    今天就到这，下回带大家看点别的。