肿瘤免疫数据库——TIMER2.0

    肿瘤浸润的免疫细胞对于癌症的治疗和患者的预后至关重要。肿瘤免疫疗法获得诺贝尔奖后，肿瘤免疫相关研究进入快速车道。如果你还苦于无处下手，那么我今天介绍的数据库你一定要了解一下。今天我们介绍的肿瘤免疫相关的数据库——TIMER2.0。很多人应该知道TIMER数据库，最近他更新了。文章发表在NUCLEIC ACIDS RESEARCH（IF=11.501）上，出版日期2020年7月2日。文章题目为TIMER2.0 for analysis of tumor-infiltrating immune cells。

    数据库主要包含免疫（immune），探索（exploration），评估（estimation）三个部分。

    免疫包含四个模块：基因，突变，sCNA和临床成果。
    基因模块主要展示肿瘤基因表达与免疫浸润之间的关系，这是许多研究人员非常感兴趣的地方。果用户选择了一个基因和一个免疫细胞类型，TIMER2.0会生成一个热图表，其中包含输入基因的表达与免疫细胞类型的丰度及其在59细胞层次中的亚型之间的Spearman相关性。单击表中的任何数字将返回两个散点图，显示（i）基因表达与肿瘤纯度（样品中癌细胞的比例）的相关性，（ii）基因表达与免疫细胞类型的关联。
    突变模块主要展示肿瘤基因突变对免疫细胞浸润变化的影响。用户使用该模块可视化分析细胞突变对多种癌症类型和免疫细胞类型免疫细胞浸润的影响，输入基因会输出小提琴图。
    sCNA模块主要展示肿瘤发生和发展中细胞拷贝数改变。用户可以可视化分析TCGA不同分型的肿瘤与免疫细胞浸润的关系。热图显示了指定改变组和正常改变组之间免疫浸润水平的对数倍变化。单击表的条目，用户可以在小提琴图上查看该基因在不同sCNA状态之间的免疫浸润分布，以便正常组与每个变更组的成对比较。
    临床成果主要占是免疫浸润细胞对肿瘤预后的影响。热图上的每个条目代表一个独立的Cox模型，该模型仅包含一种免疫细胞类型和一种癌症类型的混杂因素。用户可以单击一个条目以检查免疫细胞和基因表达与患者在Kaplan–Meier（KM）曲线上的存活率相关联。

    探索也包含了四个模块。
    Gene_DE模块 为了评估基因是否具有治疗靶标潜力，与大多数正常组织相比，该基因通常在肿瘤中独特表达或高度表达。
    基因结果模块 基因基于表达式的方法已被开发来预测存活和治疗反应）。允许用户同时评估多个基因在TCGA癌症类型患者生存率上的基因表达关联。用户可以单击热图上的一项，以研究KM曲线中基因表达与存活之间的关联。
    基因突变模块 鉴定体细胞突变在基因表达模式中的功能影响对于精确的肿瘤学和药物发现至关重要。用户可以单击表格上的条目以查看突变体与野生型肿瘤中基因表达分布的详细小提琴图。
    Gene_Corr模块 该模块允许用户发现跨TCGA癌症类型的基因的共表达模式。用户可以单击表格上的条目以查看突变体与野生型肿瘤中基因表达分布的详细小提琴图。