不做实验发7分国自然热门方向文章--血浆tRNA片段作为早期乳腺癌的新型诊断生物标志物
tRNA是非编码RNA，它们通过自身的反密码子识别mRNA上的密码子，并将相应的氨基酸转移到核糖体中的多肽链上。近年来发现tRNA衍生的小RNA（tsRNA，tRF）在诸多疾病（如肿瘤，神经退行性疾病，代谢性疾病）中发挥着重要作用，引起了广泛的关注。该研究方向尚处于起始阶段，大概率会像其他非编码RNA一样成为国自然中标大户。
今天我们来讲一篇血浆中tRF用于诊断早期乳腺癌（EBC）的文章，题名为：Plasma tRNA Fragments Derived from 5' Ends as Novel Diagnostic Biomarkers for Early-Stage Breast Cancer（IF=7.032）。该文章通过提取血浆外泌体并分离tRF，通过比较差异tRF用于诊断乳腺癌。
血浆tRF分析
本研究共纳入316个血浆样本（176例EBC和140个NCs患者）和35个配对组织。利用高通量测序用于筛选差异表达的tRF，根据差异倍数和p值选择30个显著差异的tsRNA，大样本检验后发现，EBC患者血浆样品中6个tRF在的表达水平低于对照组。tRF-Glu-CTC-003, tRF-Gly-CCC-007, tRF-Gly-CCC-008, tRF-Leu-CAA-003, tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002在EBC患者血浆中表达下调。
tRF与临床病理特征之间的关联
与NCs相比，浸润性BC患者血浆样品中6种tRF的表达水平始终较低。tRF-Gly-CCC-008, tRF-Leu-CAA-003和tRF-Ser-TGA-002在原位乳腺癌患者血浆中的含量低于NC患者（p值分别为0.036、0.029和0.040）。这6个tRF可以区分NC患者有无淋巴结转移的患者，但与转移性和非转移性淋巴结的患者相比没有统计学差异。上述tRF还能用于区分EBC亚型和肿瘤分期.
确定的tRF的预后价值
为了分析无病生存率（DFS）和总生存率（OS），进行了对数秩检验。根据表达水平将患者分为高表达组和低表达组。tRF-Glu-CTC-003表达水平低的HER2+患者的DFS和OS似乎比高表达水平的患者更差。
tRF在细胞上清液，血浆外泌体和肿瘤组织中的表达
在细胞上清液中检测了这6种tRF的表达水平，每种tRF在至少5种BC细胞系中的表达低于人乳腺上皮细胞系MCF-10A。24例EBC和16例NCs患者血浆样本中分离的外泌体的表达水平。tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002在EBC患者的血浆外泌体中的水平显着低于NC。为了研究血浆和组织样品之间的相似性，评估了35种配对的BC组织中六种tRF表达，在BC组织中的表达明显低于正常组织。
tRF生物信息学分析
结果图中显示tRF在其各自trna的三叶草二级结构上的位置。tRF-Gly-CCC-007和tRF-Gly-CCC-008的结构相似，tRF-Ser-TGA-001和tRF-Ser-TGA-002也是如此。tRF通过与它们的靶点结合进入AGO复合体，tRF靶AGO复合体的解剖结构与microRNA靶AGO复合体相似。tRF与AGO家族的蛋白质特别是AGO1、3和4有着紧密联系。我们使用TargetScan预测程序预测靶基因。然后进行基因本体（GO）分析，包括分子功能、生物过程和细胞成分的评估。tRF-Glu-CTC-003和tRF-Leu-CAA-003的靶基因，如AKT1和MYD88，主要是细胞内的，参与生物合成和分解代谢过程。对于tRF-Gly-CCC-007和tRF-Gly-CCC-008，CDC42是靶基因，主要存在于细胞内细胞器中，其关键分子功能是参与Ras和Rho-GTPase结合，主要的生物学过程是GTPase活性的调节。Tsr-002的蛋白结构与TsA-002紧密相关。京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析表明，靶基因的信号通路主要包括AMPK信号通路、TNF信号通路和FoxO信号通路。为了探索内在机制，利用STRING数据库建立了这些基因的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。
