如何从NCBI下载别人的测序原始数据

使用别人发表的高通量测序数据进行挖掘，筛选差异基因进行后续研究，不仅节省经费，又节约时间，可以大大提升研究人员的工作效率。今天小编就给大家介绍下如何从NCBI数据库下载高通量测序数据。

1、进入NCBI SRA数据库搜索项目界面，输入SRP编号。SRP编号一般可以文章中找到。现在大部分杂志都需要作者上传测序数据到公共数据库，并将提交得到的编号SRP编号（测序）或GSE编号（芯片）放到文章中。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/

2、输入SRP编号后出来界面会显示测序数据信息，我们输入SRP110184点击搜索后，会找到8个样本的测序数据。

3、数据下载，第一可以直接点击单个样本，进行页面下载。Data access界面有两个下载链接都可以下载。

4、下载的数据需要转化为fastq格式才能进行下一步的差异表达分析。这里就需要NCBI提供的下载工具SRA Toolkit进行转化。AWS,NCBI两个链接下载的文件后缀为”.man”,”.1”格式。

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

5、根据操作系统选择相应版本的软件下载。Window版本软件下载后为一个压缩文件 sratoolkit.2.11.0-win64.zip。解压缩后，设置环境变量后就可以使用。

具体安装方法：鼠标移至“计算机”图标，点击右键---属性---高级系统设置---环境变量---PATH---新建---输入sratoolkit.2.11.0-win64解压缩所在的路径，点击确认就可以使用了。

6、SRA下载文件转化为fastq格式文件 。在测序下载文件中，按shift键同时点击右键，在出来的下拉框中点击“在此处打开命令框”，出现dos界面。输入命令fastq-dump -I --split-files SRR5742690.man,  SRR5742690.man为下载数据文件名及后缀。程序运行完成后会两个fastq文件，是测序数据的两个双端文件。

7、如果样本比较多可以通过NCBI提供的下载工具SRA Toolkit下载。在SRA Run Selector界面下载所有样本信息Accession list（下载得到SRR_Acc_List.txt文件）。

8、将RR_Acc_List.txt放到sratoolkit.2.11.0-win64文件夹中bin文件夹中，在bin文件夹中按住shift同时点击邮件打开dos命令框，输入命令：prefetch.exe --option-file SRR_Acc_List.txt。程序会逐个下载各个样本的数据，一个样本一个文件夹。

9、得到fastq双端测序数据之后就可以进行后续差异筛选，功能富集等分析了。