LinkedOmics数据库

多组学分析在生物医学研究中越来越流行。作为一个典型的例子，癌症基因组图谱 (TCGA) 项目使用基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组平台对人类肿瘤进行了分子分析，除了典型的临床属性外，每个肿瘤还具有大约 10 万个分子属性的综合特征。大量的科研人员利用TCGA数据库来帮助自己寻找感兴趣的靶点，或是对自己的科研成果进行验证。今天我们讲一个在线分析TCGA数据的数据库——LinkedOmics（http://www.linkedomics.org）。LinkedOmics相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

LinkedOmics数据库包32种癌症类型的多组学数据和临床数据，以及TCGA项目共11158名患者的数据。它也是一个多组学数据库，集成了针对选定的TCGA肿瘤样本的质谱（MS）的蛋白质组学数据。

首先直接选择所要研究的癌症类型，然后选择你需要的数据类型，即研究的目标，如miRNA数据、mRNA数据、甲基化数据、突变位点等。这里注释了数据来源以及数据平台。选择自己想要分析的样本类型和自己关注的基因。

      根据自己的需求选择想要研究的数据集，在确定统计学分析方法点击提交即可。点击递交后，页面会生成你所感兴趣的基因的分析结果

   这个数据库不止分析基因表达，还能分析基因与肿瘤患者预后生存、蛋白质磷酸化、基因甲基化、非编码RNA相关基因等数据。该数据库还可以进行KEGG、GSEA等分析。想做生存分析选择临床样本数据即可。