CSCD2:癌症特异性环状 RNA 的综合交互数据库

栏目:最新研究动态 发布时间:2022-03-16
近日,武汉大学团队构建了一个新的肿瘤相关circRNA数据库——CSCD2,该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971)......


环状RNAcircRNA)是一种重要的共价闭合RNA,已在许多物种中通过高通量测序大量发现。circRNA 由线性基因的反向剪接产生,充当 microRNARNA 结合蛋白的海绵,也可以翻译成小肽。先前的工作表明,circRNA 在人类疾病中发挥着重要作用,尤其是在癌症中。数百个circRNA参与人类上皮-间质转化 (EMT),而不完美RNA双链体的内源性circRNA可以通过作为双链 RNA (dsRNA) 活化蛋白激酶(PKR)的抑制剂来调节先天免疫。由于它们对核酸外切酶的抗性和较长的半衰期,circRNA 也可以作为潜在的诊断标志物。

随着发布的癌症和正常样本的测序数据集显着增加,癌症特异性 circRNA 的更新资源是必要的。近日,武汉大学团队构建了一个新的肿瘤相关circRNA数据库——CSCD2,该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),题名为CSCD2: an integrated interactional database of cancer-specific circular RNAs。网址为http://geneyun.net/CSCD2/

CSCD2中,收集了超过1000个样本,识别出的circRNA比之前的CSCD 数据库多100万以上。此外,还为用户提供了一个交互式界面,可以根据新结果中的潜在相互作用来查看circRNA-miRNAcircRNA-RBP相互作用。每个circRNA的全长和开放阅读框 (ORF) 序列也是根据其父序列预测的,这对于circRNA功能研究很重要。总的来说,CSCD2 是具有增强功能模块的癌症特异性 circRNA 的综合资源,可显着促进癌症中的 circRNA 研究。



CSCD2 包括三个用户Web 界面。在 circRNA 界面中,用户可以通过选择样本类型、样本名称和基因符号来浏览circRNAs,并可以通过circRNA ID 进行搜索,搜索框中代表每个circRNA或基因符号的供体和受体位点。所有信息,包括 circRNA ID、父基因符号、UCSC 基因组浏览器链接、每个 circRNA 的样本类型,都显示在表格中。还提供过滤和排序功能,供用户按读取计数、算法数、基因组区域过滤表格并按列排序。基因符号链接到右上角的面板,其中包含不同样本中的所有 circRNAcircRNA ID 链接到右下图,其中包含特定样本中的 circRNA。在右上角的面板中,用户可以在概览选项卡中查看 circRNA 及其线性亲本基因。线性基因结构显示为外显子的不同颜色的矩形,内含子的黑线和 circRNA 的彩色曲线。circRNA 曲线链接到右下图中的特定 circRNA。用户可以在彩色圆圈中查看由外显子组成的选定 circRNA。每个带有数字 ID 的弧线描绘了一个外显子,而内含子则以黑线显示。用户还可以查看位于circRNA中的MRE(红色三角形)、RBP(蓝色矩形)和ORF(绿色弧)元素的数量和位置,并通过circRNAMRERBP ORF 选项卡,分别。点击表格中的 miRNA RBP 名称可以跳转到 miRNA RBP 页面,并允许用户查看该 miRNA RBP 结合的所有 circRNA

microRNA 面板中,用户可以通过选择样本类型或选择/输入 microRNA ID来浏览 microRNA。显示所有信息,包括circRNA IDmicroRNA IDMSA startSeed start)、MSA endSeed end)、位点类型、score、能量、align startmiRNA start)、align endmiRNA end)和算法在表中。用户可以选择多个 miRNA,点击“Search”按钮,即可获取多个 miRNA 结合的所有 circRNACircRNA ID 将右侧面板与特定样本中的 circRNA 链接起来。右上方的面板以彩色圆圈显示由外显子组成的选定 circRNA。用户还可以查看位于circRNA中的MRE(红色三角形)、RBP(蓝色矩形)和ORF(绿色弧线)的数量和位置,并分别通过circRNAMRERBPORF选项卡查看详细信息。在右下方的面板中,用户可以查看所选microRNA在不同癌症中的表达状态。详细信息列在 TCGA microRNA 表达选项卡中。

RBP 面板中,用户可以通过选择样本类型或选择/输入 RBP 基因符号来浏览 RBP。所有信息,包括 circRNA IDRBP 的基因组坐标(染色体、开始和结束)和 RBP 基因符号,都显示在表格中。用户还可以选择多个 RBP 并单击“搜索”按钮以获取这些选定 RBP circRNA 结合。circRNA ID 链接到右上方面板,其中包含特定样本中的 circRNA。在右上角的面板中,用户可以在彩色圆圈中查看由外显子组成的选定 circRNA。用户还可以查看位于circRNA中的MRE(红色三角形)、RBP(蓝色矩形)和ORF(绿色弧线)的数量和位置,并分别通过circRNAMRERBPORF选项卡查看详细信息。在右下方的面板中,用户可以查看所选 RBP 在不同癌症中的表达状态。详细信息列在 HPA ORF 选项卡中。每个 RBP 显示四种 IHC 染色程度(高、中、低和未检测到)。包括癌症或正常富集的 circRNA、交互式 microRNA RBP 在内的所有文件都可以通过下载页面下载。