CSCD2：癌症特异性环状 RNA 的综合交互数据库

环状RNA（circRNA）是一种重要的共价闭合RNA，已在许多物种中通过高通量测序大量发现。circRNA 由线性基因的反向剪接产生，充当 microRNA和RNA 结合蛋白的海绵，也可以翻译成小肽。先前的工作表明，circRNA 在人类疾病中发挥着重要作用，尤其是在癌症中。数百个circRNA参与人类上皮-间质转化 (EMT)，而不完美RNA双链体的内源性circRNA可以通过作为双链 RNA (dsRNA) 活化蛋白激酶(PKR)的抑制剂来调节先天免疫。由于它们对核酸外切酶的抗性和较长的半衰期，circRNA 也可以作为潜在的诊断标志物。

随着发布的癌症和正常样本的测序数据集显着增加，癌症特异性 circRNA 的更新资源是必要的。近日，武汉大学团队构建了一个新的肿瘤相关circRNA数据库——CSCD2，该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），题名为CSCD2: an integrated interactional database of cancer-specific circular RNAs。网址为http://geneyun.net/CSCD2/。

在CSCD2中，收集了超过1000个样本，识别出的circRNA比之前的CSCD 数据库多100万以上。此外，还为用户提供了一个交互式界面，可以根据新结果中的潜在相互作用来查看circRNA-miRNA或circRNA-RBP相互作用。每个circRNA的全长和开放阅读框 (ORF) 序列也是根据其父序列预测的，这对于circRNA功能研究很重要。总的来说，CSCD2 是具有增强功能模块的癌症特异性 circRNA 的综合资源，可显着促进癌症中的 circRNA 研究。

CSCD2 包括三个用户Web 界面。在 circRNA 界面中，用户可以通过选择样本类型、样本名称和基因符号来浏览circRNAs，并可以通过circRNA ID 进行搜索，搜索框中代表每个circRNA或基因符号的供体和受体位点。所有信息，包括 circRNA ID、父基因符号、UCSC 基因组浏览器链接、每个 circRNA 的样本类型，都显示在表格中。还提供过滤和排序功能，供用户按读取计数、算法数、基因组区域过滤表格并按列排序。基因符号链接到右上角的面板，其中包含不同样本中的所有 circRNA。circRNA ID 链接到右下图，其中包含特定样本中的 circRNA。在右上角的面板中，用户可以在概览选项卡中查看 circRNA 及其线性亲本基因。线性基因结构显示为外显子的不同颜色的矩形，内含子的黑线和 circRNA 的彩色曲线。circRNA 曲线链接到右下图中的特定 circRNA。用户可以在彩色圆圈中查看由外显子组成的选定 circRNA。每个带有数字 ID 的弧线描绘了一个外显子，而内含子则以黑线显示。用户还可以查看位于circRNA中的MRE（红色三角形）、RBP（蓝色矩形）和ORF（绿色弧）元素的数量和位置，并通过circRNA、MRE、RBP 和 ORF 选项卡，分别。点击表格中的 miRNA 或 RBP 名称可以跳转到 miRNA 或 RBP 页面，并允许用户查看该 miRNA 或 RBP 结合的所有 circRNA。

在 microRNA 面板中，用户可以通过选择样本类型或选择/输入 microRNA ID来浏览 microRNA。显示所有信息，包括circRNA ID、microRNA ID、MSA start（Seed start）、MSA end（Seed end）、位点类型、score、能量、align start（miRNA start）、align end（miRNA end）和算法在表中。用户可以选择多个 miRNA，点击“Search”按钮，即可获取多个 miRNA 结合的所有 circRNA。CircRNA ID 将右侧面板与特定样本中的 circRNA 链接起来。右上方的面板以彩色圆圈显示由外显子组成的选定 circRNA。用户还可以查看位于circRNA中的MRE（红色三角形）、RBP（蓝色矩形）和ORF（绿色弧线）的数量和位置，并分别通过circRNA、MRE、RBP和ORF选项卡查看详细信息。在右下方的面板中，用户可以查看所选microRNA在不同癌症中的表达状态。详细信息列在 TCGA microRNA 表达选项卡中。

在 RBP 面板中，用户可以通过选择样本类型或选择/输入 RBP 基因符号来浏览 RBP。所有信息，包括 circRNA ID、RBP 的基因组坐标（染色体、开始和结束）和 RBP 基因符号，都显示在表格中。用户还可以选择多个 RBP 并单击“搜索”按钮以获取这些选定 RBP 的 circRNA 结合。circRNA ID 链接到右上方面板，其中包含特定样本中的 circRNA。在右上角的面板中，用户可以在彩色圆圈中查看由外显子组成的选定 circRNA。用户还可以查看位于circRNA中的MRE（红色三角形）、RBP（蓝色矩形）和ORF（绿色弧线）的数量和位置，并分别通过circRNA、MRE、RBP和ORF选项卡查看详细信息。在右下方的面板中，用户可以查看所选 RBP 在不同癌症中的表达状态。详细信息列在 HPA 和 ORF 选项卡中。每个 RBP 显示四种 IHC 染色程度（高、中、低和未检测到）。包括癌症或正常富集的 circRNA、交互式 microRNA 和 RBP 在内的所有文件都可以通过下载页面下载。