DIANA-mitED:microRNA 组织表达数据库

栏目:最新研究动态 发布时间:2022-04-20
近日,希腊研究团队构建了一个新的microRNA组织表达数据库——DIANA-mitED,该数据库相关文章刊登在......


microRNA (miRNA) 是长度为23nt左右的单链非编码RNA,亦是丰富的调节性RNA,可作为基因转录后表达调节剂,主要指导其靶基因转录物的切割、降解和/或翻译抑制。为此,对它们在组织和细胞类型中的丰度进行准确分类是了解生理和病理条件下基因调控和失调的重要工具。同样重要的是,在疾病和健康状态之间或在疾病过程中,组织和生物体液中改变的 miRNA 水平可以区分疾病或与临床表型和结果相关联,突出特定 miRNA 可能携带的诊断、预后或预测生物标志物能力。有关miRNA在细胞类型和组织中的表达和分布的信息对于理解它们的功能以及它们作为生物标志物或治疗靶点的转化用途至关重要。

近日,希腊研究团队构建了一个新的microRNA组织表达数据库——DIANA-mitED,该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),题名为DIANA-miTED: a microRNA tissue expression database。网址为http://www.microrna.gr/mited

大多数可用数据库要么包含少量数据集,要么仅或几乎仅关注 TCGA,这主要是由于实际原因。TCGA 是一个相当统一的资源,而 GEO/SRA 研究在文库制备、使用的适配器和样品质量方面极为多样化。DIANA-mitED 弥补了这一差距,使研究人员能够研究迄今为止最广泛的文库中的 miRNA 表达,以及从单一资源执行简单或复杂的分析。DIANA-mitED包含SRATCGA中的15183个原始人类小RNA-SeqsRNA-Seq)数据集的分析,涵盖了总共包含199个组织、82个解剖亚位、267个细胞系和261种疾病。

为了生成 miTED,我们利用 DIANA-mAP 分析工作流程对从TCGA SRA检索到的>15000sRNA-Seq数据集进行了预处理和分析。在 miTED 中,用户可以检索一个或多个miRNA/或组织/细胞系的表达值,识别最高表达的 miRNA,或感兴趣的miRNA表达最多的最高组织/细胞系.



miTED实现了一个友好的在线图形用户界面,使用户能够搜索、浏览和元分析这个广泛的集合,而无需生物信息学支持或专业知识。DIANA-miTED通过Querying DB顶部菜单提供三个主要查询页面,即Multi-queryTop-miRNAs Top-sites

Multi-query页面中,用户可以查询、检索和比较组织或细胞系中一种或多种miRNA 的表达。搜索框允许自由文本搜索和选择特定组织或细胞系和 miRNA。多查询表单提供了将搜索限制为特定疾病的机会,仅包括来自 SRA TCGA 数据收集的结果,根据健康状况(即“健康”或“疾病”)检索数据。结果分为三个不同的部分。(A) 第一部分专门用于可视化检索到的结果。分组箱线图可以比较特定组织/疾病中的 miRNA 丰度。此外,通过描绘组织-疾病关系的桑基图和性别、采集和健康状况的饼图探索样本分布。(B) 第二部分满足 miTED 结果与每个 miRNA 的相关 DIANA 资源(工具和数据库)的互连。(C)在第三部分中,提供了一个数据表,其中包含样本元数据以及用户请求的miRNA 的表达。

Top-miRNAs页面是 miTED 资源中的第二个查询页面。通过此页面,用户可以搜索特定组织或细胞系中表达最高的 miRNA。显示的结果包括以降序显示所有 miRNA 表达的数据表和描绘所需组织或细胞系中最高表达 miRNA 的条形图。

Top-sites页面专门用于检索特定 miRNA 最丰富的组织或细胞系。与Top-miRNAs页面类似,结果包括一个表格,其中包含按降序排列的组织/细胞系的表达值,以及一个描述输入表达最多的顶部组织或细胞系的条形图。



DIANA-miTED 还通过其Visualizations菜单提供三个可视化页面。第一页,提供了一个图网络,描述了组织或起源器官与组织子区域之间的关系。它是一个交互式图表,能够突出显示和移动节点,以探索它们之间的互连程度。“TCGA Projects Exploration”页面包含用于分别探索 TCGA 数据集的组织-疾病和组织-性别关系的桑基图。