CenhANCER：初级组织和细胞系的综合癌症增强子数据库
栏目：最新研究动态
发布时间：2023-08-15
增强子是重要的致瘤因子，在癌症的分型、诊断和治疗中有着广泛的应用，在癌症研究中受到越来越多的关注......
增强子是重要的致瘤因子，在癌症的分型、诊断和治疗中有着广泛的应用，在癌症研究中受到越来越多的关注。然而，由于缺乏综合数据资源，尤其是来自肿瘤原发组织的数据资源，癌症增强剂的系统分析面临挑战。
CenhANCER，包括来自41种癌症类型的805个初级组织样本和671个细胞系样本的所有公共H3K27ac ChIP-Seq数据。总共57 029 408种典型的增强子，978 411种超级增强子和226种 鉴定出726个富集的转录因子。该数据库用染色质可及性区域、癌症表达定量性状位点（eQTL）、基因型组织表达eQTLs和全基因组关联研究风险单核苷酸多态性（SNPs）对超增强子进行注释，以进行进一步的功能分析。
https://cenhancer.chenzxlab.cn/#/
Browse
用户可以浏览数据库中的所有样本。侧栏中提供了样本来源类型和癌症类型的过滤条件。
点击“GSM”列跳转至数据来源页面；点击“Sample id”列跳转至详情页：
该页面提供了一些样本信息，如超级增强器编号、输入样本和相邻样本的GSM id。统计了超级增强子和增强子在染色体上的分布，并显示了在该样品中鉴定的超级增强子和转录因子。
SuperEnhancer
在此模块中，用户可以通过两种方式搜索癌症类型中的超级增强器：左侧面板提供了对基因的搜索；在右侧面板中，用户可以指定要搜索的区域。
TypicalEnhancer
在这个搜索模块中，统计了不同癌症类型中所有样本的典型增强子，并提供了该癌症类型中每个增强子的出现次数。
用户可以通过指定癌症类型、样本来源、染色体位置或基因名来进行搜索。
TranscriptionFactor
在这个搜索模块中，识别了每个样本中可能的转录因子，并统计了它们在样本中的发生率。
用户可以通过指定癌症类型、基因名来进行搜索。