单细胞lncRNA测序（scRNA-lncRNA seq）

       普通单细胞转录测序（scRNA-seq）分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析，而研究表明相比蛋白编码基因，lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中，在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性lncRNA的检测能力。

实验流程

研究案例
通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组发现一种保守的促纤维化长非编码RNA FIXER（Circulation，IF: 37.8  Q1）.
       心脏成纤维细胞在心脏中起着至关重要的作用。尤其是，成纤维细胞在受损的心肌中分化为肌成纤维细胞，促成瘢痕形成和间质纤维化。纤维化与心脏功能障碍和衰竭有关。由于缺乏肌成纤维细胞特异性标记物，因此无法开发靶向疗法。与蛋白编码基因相比，lncRNAs具有更广泛的细胞特异性，这表明它们决定细胞特性方面具有关键作用。研究人员通过单细胞深度测序分析了心肌梗死后心脏非肌细胞中的lncRNA转录组，并探究了成纤维细胞和肌成纤维细胞群体的异质性。作者分析了在相关的肌成纤维细胞亚群中富集的lncRNA, 并筛选到候选lncRNA FIXER(纤维化lox位点增强子RNA)。研究人员发现沉默FIXER限制了纤维化并改善了梗死后的心脏功能。
       研究总共捕获可以在8,413个来自假手术或梗死心脏组织的细胞，平均每个细胞得到20M reads数据。在所有细胞中检测到21,929个编码基因和29,107个长非编码基因。基于lncRNA表达的UMAP分析得到7个细胞clusters（图1），并筛选到肌成纤维细胞中特异表达的lncRNA Fixer（图2）。在小鼠心梗模型中，体内干扰Fixer表达显著减少心脏纤维化和重塑（图3）。

图1 基于lncRNA表达的UMAP图及相关分析


图2 lncRNA筛选流程及Fixer在基因组位置示意图

图3 Fixer沉默抑制心梗模型心脏纤维化及重塑

本公司单细胞测序分析内容：

分析结果可视化结果

 
图1 PCA聚类分析               图2 UMAP细胞聚类

   
图3 鉴定到marker基因              图4 注释细胞类群

 
图5 细胞间通讯分析            图6 拟时序分析

           
图7 RNA速率分析                  图8 转录因子活性分析

scRNA-seq送样要求：
       新鲜组织、血液样本、单细胞悬液寄送：

参考文献

Aghagolzadeh P, Plaisance I, Bernasconi R, et al. Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA [published online ahead of print, 2023 Jul 10]. Circulation. 2023;10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601.  IF: 37.8 Q1