胰腺导管腺癌相关的隔室特异性lncRNA的综合分析

胰腺导管腺癌相关的隔室特异性lncRNA的综合分析(Arnes, Liu et al. 2018)

胰腺导管腺癌是一种高度转移的，且治疗方法有限的疾病。基因组和转录组层面的分析已经鉴定出相关的信号通路和驱动基因，并衍生出相应的治疗方法。但是这些研究都是针对大量样本，主要集中在对只占基因组很小部分的蛋白编码基因的分析。因此，作者研发出一套计算方法，可以从RNA-Seq数据中重构建非编码基因转录本，整合分析体细胞拷贝数目的变化，以及与胰腺导管腺癌风险性相关的共同种系变异。作者在配对的激光捕获显微切割的人胰腺癌的上皮细胞和基质细胞的RNA-Seq数据中验证了这种计算方法，并对隔室特异的基因进行了注释。进一步地，作者采用系统的和实验生物学的方法研究发现胰腺导管腺癌中与遗传特征和临床效果相关的lncRNA的功能，发现了一类胰腺导管腺癌相关的lncRNA。然后作者通过生物学和临床意义界定了这些lncRNA的分子亚型。RNA-Seq筛选出富集于隔室（上皮细胞或基质细胞）的lncRNA，结合体细胞拷贝数目的变化和单核苷酸多态性挑选出目的lncRNA。系统生物学和实验功能分析发现2个上表皮细胞的lncRNA（LINC00673和FAM83H-AS1）可能调控胰腺癌组织样本和胰腺癌细胞系中的转录模式。

研究路线图：

研究结果：

图1 胰腺导管腺癌中lncRNA和分子亚型的鉴定

图2 有胰腺癌基因组风险的lncRNA的鉴定，以及这些lncRNA在上皮细胞和基质细胞中的表达情况

图3 lncRNAFAM83H-AS1调控胰腺癌细胞系Aspc1细胞中的转录图谱

图4 lncRNALINC00673调控胰腺癌细胞中的转录图谱，并为维持上皮细胞特性所必须的影响因子

图5瞬时抑制lncRNALINC00673的表达导致上皮细胞标志物缺失以及上皮细胞向间充质细胞转换