LncSEA：lncRNA综合数据库

LncSEA （http://bio.liclab.net/LncSEA/index.php）是中国哈尔滨医科大学于 2020 年发布的 lncRNA 注释和富集分析综合数据库。开发人员整合了来自 20 多个数据库的 lncRNA 数据集，例如来自 Cistrome和 NCBI 的样本基因组区域，从癌症基因组图谱 (TCGA)中收集了与癌症生存相关的 lncRNA 以及疾病和疾病信息；来自 Lnc2Cancer2.0 和 LncRNADisease2.0等数据库的药物；lncRNA、mRNA 和 lncRNA-miRNA 之间的关系是从LncACTdb2.0下载的。

用户在LncSEA数据库可以查询到以下信息：

 (i) 序列信息：包括序列分析、基本转录信息、保守、甲基化、SNP、编码潜力和表达，(ii) 分子功能：包括亚细胞位置、lncRNA-mRNA 相互作用、lncRNA-miRNA 相互作用和 RNA 结合蛋白质，（iii）临床相关性：包括癌症和正常组织表达差异、细胞系表达谱、生存分析、癌症临床分期、转移、lncRNA相关疾病和药物。

l    Analysis

tsRFun 支持多种方式在搜索页面中搜索特定的 tsRNA： 

1) 输入lncRNA名称或文本文件；

2) 选择参考集的类和子类以及可选参数；

3) 点击“Run”开始分析

l    Browse

用户可以使用“Class”和“Sub class”快速搜索 该类目下所有lncRNA。

l    Search

LncSEA 支持三种不同的搜索模式："Search by LncRNA name/ID"、"Search by Genomic Region"、"Genomic Sequence"。结果页面中显示为表格。 用户可以点击“Gene name”查看当前lncRNA的详细信息;可以点击特定的基因集查看该基因集下的 lncRNA。

l    Download

LncSEA 支持下载所有表格或图形进行分析，所有集合都打包成两种格式（text和gmt）文件供下载：

l    ID coversion

用户可以粘贴 lncRNA 列表或上传由空格分隔的文件，lncRNA名称可以是gene symbol, ensembl ID, NCBI refseq ID, alias，entrez ID。 单击“Convert”即可获得转换后的结果表。 用户不仅可以下载结果表，还可以点击“Analysis”连接到这些 lncRNA 的富集分析页面。