m6A-Atlas:m6A表观转录组的综合知识库
栏目:最新研究动态 发布时间:2021-09-06
今天我们介绍一个m6A数据库:m6A-Atlas,用于了解m6A表观转录组。该数据库相关文章发表于Nucleic Acids Research期刊......

多种化学修饰在细胞天然修饰RNA,调节其生物发生、稳定性和功能。迄今为止,已鉴定出超过150种类型的RNA修饰,其中,N6甲基腺苷(m6A)是mRNAslncRNAs上最普遍和最深入研究的可逆修饰。最近的研究表明,m6A在包括病毒感染、应激、热休克和DNA损伤在内的各种生物过程中起着关键作用,并调节RNA-蛋白质相互作用、RNA稳定性和翻译效率等分子功能。此外,m6A的失调与许多疾病有关,包括多种癌症,如白血病和胶质瘤。

今天我们介绍一个m6A数据库:m6A-Atlas,用于了解m6A表观转录组。该数据库相关文章发表于Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。

m6A-Atlas的特点如下:(1)收集了从7种碱基分辨率技术中鉴定的442162个高置信度m6A位点,并从1363个高通量测序样本中估算出定量(而非二元)的表转录组谱。(2)收录人、小鼠、黑猩猩等7种脊椎动物m6A位点情况,以及HIV、KSHV、DENV等10种病毒的m6A图谱情况。(3)由表观转录组数据预测各个m6A位点的生物学功能,以及由疾病相关的基因突变推断m6A位点的潜在发病机理。(4)对m6A位点进行转录后机制注释(RBP结合、microRNA相互作用和剪接位点),同时提供多种RNA修饰的图谱数据。




这是数据库主页搜索功能。先在左侧选择对应的物种,系统自动选的是人类,然后输入自己所查询的关键词,以MALAT1为例。



       MALAT1它编码 7.9 kb 长的非编码 RNA,位于染色体 11q13。在m6A-Atlas数据库首页按基因'MALAT1'检索,共返回142条MALAT1相关的m 6 A记录。即 MALAT1 是高度 m6A 修饰的。可以通过技术过滤这些记录或细胞系/组织。单击 MALAT1 m6A 站点后,将提供更多信息,包括记录来源,例如 PubMed ID、GEO 登录号、技术、细胞系和治疗。位于 MALAT1 上的所有 m 6 A 位点的整体分布及其注释在“景观”部分中可视化,并且可以在切换到其“表格”视图时下载。从那里可以清楚地看出,超过10个碱基分辨率实验重复检测到四个 MALAT1 m6A位点,并且这四个位点都得到了保守人类和猴子之间,表明它们的普遍性和潜在的重要功能。具体而言,位于 chr11:65257646(13 个实验支持)的 MALAT1 m 6 A 位点在猴子和小鼠之间是保守的。该位点的生物学功能是用计算机预测的,并显示在 GO 预测面板中。我们可以看到 m6A位点与位于 USP10、AGO2、TRAF7 等上的 m 6 A 位点表现出共甲基化模式,并且基于网络的分析预测,它可能与许多功能有关,例如参与 DNA 修复的 DNA 合成(P值 = 0.01297)、细胞命运决定(p 值 = 0.0454)和细胞发育的负调节(p值 = 0.00366)。这与最近的发现一致,即MALAT1 的m 6 A 调节调节肿瘤发生和胚胎发育。可以在“甲基化水平”面板下找到 > 100 种不同生物环境(细胞系、组织、治疗、病毒感染等)下单个 m6A 位点的甲基化概况。可以过滤特定的细胞系或感兴趣的组织。在 iSLK.219 细胞系中发现了最高的甲基化水平。值得注意的是,该位点的甲基化水平在几乎所有涵盖的条件下都高于 0,表明其普遍存在和功能性。MALAT1 的匹配RNA表达谱也可在基因表达面板中进行比较分析。此外,转录后注释表明 m6A位点靠近 microRNA hsa-miR-670-3p 和 21 个 RNA 结合蛋白(包括 HRNPC)的结合位置,这些蛋白可以通过 m 6 A 位点立即进行调节。有趣的是,先前已经证实了通过 m 6 A 甲基化调节 MATLAT1 和 HNRNPC 之间的相互作用.