IRESbase:经实验验证的内部核糖体进入位点 (IRES) 的综合数据库
栏目:最新研究动态 发布时间:2021-09-08
研究表明, IRES 在应激反应、细胞存活、细胞凋亡、细胞有丝分裂、肿瘤发生和肿瘤进展中发挥重要作用......


 除了依赖帽的方式外,蛋白质翻译也可以通过使用称为内部核糖体进入位点 (IRES) RNA 顺式元件直接将核糖体募集到 mRNA,以不依赖于帽的方式启动。 IRES 最初在病毒中发现,后来在真核细胞 mRNA 中发现。 最近,在环状 RNA (circRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) 中也发现了 IRES 元件。 研究表明, IRES 在应激反应、细胞存活、细胞凋亡、细胞有丝分裂、肿瘤发生和肿瘤进展中发挥重要作用。

 IRESbase数据库(http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php)整理了已发表文献中所有经过实验验证的 IRES,其中包含 554 个病毒 IRES691 个人类 IRES 83 个来自其他真核物种的 IRES

                                               

 

l    Home

在主页上,可以快速搜索相关的IRES(如物种名称,染色体位置,IRES ID,基因名称,基因ID,蛋白质名称,蛋白质ID PubMed ID等)。







l    View All

该入口提供两种界面:(1)查看真核IRES和(2)查看病毒IRES,分别显示774个真核IRES554个病毒IRES的基本信息。 此外,可以单击感兴趣的 IRES ID 以获取详细信息。




l    Advanced Search


选择要查询的物种:(1)人类,(2) 其他真核生物,(3) 病毒。

在“智人”子页面中,可以使用一个或多个(最多 10 个)关键字来检索感兴趣的 IRES 数据集。

在“其他真核生物”子页面中,可以使用一个或多个(最多六个)关键字来检索除智人以外的真核生物的 IRES 数据集。

在“病毒”子页面中,可以使用一个或多个(最多五个)关键字从病毒 IRES 数据集中检索 IRES 数据。


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BLAST Search



此页面提供了四个选项:(1) 智人,(2) 其他真核生物,(3) 病毒, (4) 所有生物。 BLAST的查询序列为 FASTA 格式,长度大于30 nt


BLAST 结果页面,用户可以通过序列标识选择最匹配的 IRES。 并且,用户可以通过单击“Job title”导航到详细的比对结果。

l    Browe


该入口提供四种界面:(1)按物种浏览,(2)按GO&KEGG浏览,(3)按染色体浏览,(4)按转录本类型浏览。

按物种浏览包括人类、小鼠、大鼠、果蝇等在内的15类真核生物和病毒。

GO浏览可以选择分子功能、生物过程、细胞成分三个层次。

按转录本类型浏览,可查询lncRNAcircRNAmRNA


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Download



数据库提供两种下载方式:(1)下载所有信息;(2)下载选定信息。

在“Download All Info”页面可以下载IRESbase中的所有IRES数据,并提供FASTA格式的IRES序列下载。

在“"Download Selected Info”页面可以选择感兴趣的IRES信息进行下载。