IRESbase：经实验验证的内部核糖体进入位点 (IRES) 的综合数据库

 除了依赖帽的方式外，蛋白质翻译也可以通过使用称为内部核糖体进入位点 (IRES) 的 RNA 顺式元件直接将核糖体募集到 mRNA，以不依赖于帽的方式启动。 IRES 最初在病毒中发现，后来在真核细胞 mRNA 中发现。 最近，在环状 RNA (circRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) 中也发现了 IRES 元件。 研究表明， IRES 在应激反应、细胞存活、细胞凋亡、细胞有丝分裂、肿瘤发生和肿瘤进展中发挥重要作用。

 IRESbase数据库（http://reprod.njmu.edu.cn/cgi-bin/iresbase/index.php）整理了已发表文献中所有经过实验验证的 IRES，其中包含 554 个病毒 IRES、691 个人类 IRES 和 83 个来自其他真核物种的 IRES。

l    Home

在主页上，可以快速搜索相关的IRES（如物种名称，染色体位置，IRES ID，基因名称，基因ID，蛋白质名称，蛋白质ID， PubMed ID等）。

l    View All

该入口提供两种界面：（1）查看真核IRES和（2）查看病毒IRES，分别显示774个真核IRES和554个病毒IRES的基本信息。 此外，可以单击感兴趣的 IRES ID 以获取详细信息。

l    Advanced Search

选择要查询的物种：(1)人类，(2) 其他真核生物，(3) 病毒。

在“智人”子页面中，可以使用一个或多个（最多 10 个）关键字来检索感兴趣的 IRES 数据集。

在“其他真核生物”子页面中，可以使用一个或多个（最多六个）关键字来检索除智人以外的真核生物的 IRES 数据集。

在“病毒”子页面中，可以使用一个或多个（最多五个）关键字从病毒 IRES 数据集中检索 IRES 数据。

l    BLAST Search

此页面提供了四个选项：(1) 智人，(2) 其他真核生物，(3) 病毒， (4) 所有生物。 BLAST的查询序列为 FASTA 格式，长度大于30 nt。

在 BLAST 结果页面，用户可以通过序列标识选择最匹配的 IRES。 并且，用户可以通过单击“Job title”导航到详细的比对结果。

l    Browe

该入口提供四种界面：（1）按物种浏览，（2）按GO&KEGG浏览，（3）按染色体浏览，（4）按转录本类型浏览。

按物种浏览包括人类、小鼠、大鼠、果蝇等在内的15类真核生物和病毒。

按GO浏览可以选择分子功能、生物过程、细胞成分三个层次。

按转录本类型浏览，可查询lncRNA、circRNA及mRNA。

l    Download

数据库提供两种下载方式：（1）下载所有信息；（2）下载选定信息。

在“Download All Info”页面可以下载IRESbase中的所有IRES数据，并提供FASTA格式的IRES序列下载。

在“"Download Selected Info”页面可以选择感兴趣的IRES信息进行下载。