GPSno: 癌症中 snoRNA 的遗传和药物基因组学

GPSno （https://hanlab.uth.edu/GPSno/）通过使用来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的数千数据，表征了遗传变异对 29 种癌症类型的 snoRNA 的影响，将相关等位基因与患者存活率以及全基因组关联研究风险位点联系起来，并表征了 snoRNA 表达对患者药物反应的影响。

l  Cis-snoQTLs

在 29 种癌症类型中以 FDR < 0.05 为筛选标准，鉴定了 69,557 个 snoQTL-snoRNA 基因对，供用户搜索或浏览：

用户需要选择癌症类型，填写SNP ID或者snoRNA名称进行查询。查询结果将在页面下方显示，结果可以以excel格式进行下载；点击“Plot”显示snoRNA表达量结果图，可以以PDF格式进行下载。

l  Trans-snoQTLs

在 29 种癌症类型中以 FDR < 0.05为筛选标准， 鉴定了 34,151 个 snoQTL-snoRNA 基因对，供用户搜索或浏览：

搜索方式与“Cis-snoQTLs”模块相同，搜索结果也可以进行下载。

l  Survival-associated snoQTLs

该模块确定了 1,840 个与不同癌症类型患者总生存相关的 snoQTL，FDR < 0.2。

该模块需要选择癌症类型、输入SNP ID进行查询。

l  GWAS-related snoQTLs

该模块鉴定了 29,795 个 snoQTL-snoRNA 对，其中 snoQTL 与 GWAS 连锁不平衡 (LD) 区域 (r² ≥ 0.5) 重叠。

选择癌症类型、LD指数（0.5-1.0），输入SNP ID可进行查询。

l  Drug response

该模块在18 种癌症类型中以 FDR < 0.2为筛选标准， 鉴定了 27,877 个 snoRNA-药物反应对，供用户搜索或浏览。

用户可以根据药物查询，也可以根据SnoRNA进行查询。