活细胞释放的细胞外囊泡(EVs)是信号转导和细胞通讯的重要载体,尤其是远距离细胞之间的相互作用。从内体系统分泌的外泌体和从质膜脱落的微泡 (MVs)是 EVs 的两个主要来源。EVs的内容物包括来自源细胞的多种生物分子,如脂质、蛋白质、代谢物、DNA和RNA。非编码 RNA (ncRNA) 是 EVs 中经过充分研究的重要分子,可以传递到和调节靶细胞,并显示出生理和病理特异性,可作为候选生物标志物。ncRNA作为重要的调控成分在生物过程中发挥着至关重要的作用,其表达谱在正常和疾病状态下差异很大。例如,微小RNA(miRNA)、小核仁RNA(snoRNA)和转移RNA(tRNA)的失调是肿瘤发生中的常见事件。
今天我们来讲一个关于人类细胞外囊泡中ncRNA表达的数据库:EVAtlas ( http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVAtlas),该数据库相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.972)。数据库包括24 种条件和 40 多种疾病的人类2030个EV(1506 sEV 和 524 lEV)small RNA测序数据,量化七种 ncRNA 类型(miRNA、snoRNA、piRNA、snRNA、rRNA、tRNA 和 Y RNA)的表达谱。
目前,EVAtlas是EV ncRNA表达最全面的资源,已成为该领域研究的关键资源。首先主页如图所示,简单介绍了数据库基本情况和EVs中小RNA表达。搜索框中可以直接搜索小RNA名称,会显示基本信息,组织、表达、体液表达、功能、TCGA中肿瘤表达、相关药物和靶基因。
在左侧我们可以根据样本情况进行筛选,包括肺、淋巴、胃等组织样本,还有母乳、血清血浆和唾液等样本
在Specific Expression界面,用户可以 获得24 种条件下 EV 中特异性表达的 ncRNA,点击某一特定条件即可获得相应条件下特异性表达的ncRNA。
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