piRNAclusterDB 2.0数据库

PIWI 相互作用 RNA (piRNAs) 及其配对的 PIWI 蛋白保护动物种系免受转座因子的侵害，并在生育中发挥关键作用。过去的大量研究发现了piRNA通路的许多其他功能，包括基因调控、抗病毒防御和体细胞转座子抑制。此外，跨系统发育组的比较分析表明 PIWI/piRNA系统进化迅速，并表现出很大的进化可塑性。

为促进对跨组织和物种的piRNA产生位点的调控和进化的研究，piRNA簇数据库（https://www.smallrnagroup.uni-mainz.de/piRNAclusterDB）应运而生，其中包含来自12个物种的100+个SRA数据集。

近年来，小RNA测序数据量急剧增加，而对piRNA通路和piRNA表达的理解也在不断增长。根据这一进展，近期发布了piRNA簇数据库2.0版本，包括来自51个物种的350+个SRA数据集，总共包含15000+个piRNA簇。这组物种包含软体动物、节肢动物、鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物。该数据库相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）

   首页界面如下，首先选择物种，物种选择器，以交互式系统发育树和表格形式展示有关分类、piRNA簇数量等信息。选择物种后，用户可以在cluster浏览器部分沿着所选物种的所有数据集浏览产生piRNA的位点。同时可以单独选择和取消选择每个SRA数据集，以生成跨不同数据集、组织或发育阶段的piRNA簇表达的自定义视图。

数据库还包含piRNA Biology、piRNA Cluster Prediction、A Short Manual的门户模块，介绍piRNA生物功能，筛选。