CSEA-DB:细胞类型特异性富集分析数据库

栏目:最新研究动态 发布时间:2021-12-06
CSEA-DB 是系统探索人类复杂特征和细胞类型关联的综合工具,包括了 752 种组织细胞类型中 13,756 组......


CSEA-DB 是系统探索人类复杂特征和细胞类型关联的综合工具,包括了 752 种组织细胞类型中 13,756 组性状相关基因 (TAG) 组特异性表达的细胞类型的 CSEA 结果。总体而言,CSEA-DB 以细胞分辨率精细绘制了遗传信号,并阐明了人类复杂性状和疾病的潜在机制。

链接:

https://bioinfo.uth.edu/CSEADB/index.php?csrt=14316269507315431

l  Home


   在主页中,用户可以单击器官图标以查找具有单细胞转录组数据的组织; 在右侧,用户可以通过在“Quck search”输入与组织、细胞类型或性状相关的关键词进行信息搜索;用户可以在“Browse”部分探索组织-细胞类型关系。

l  Multi-traits


      第一步:选择感兴趣的“细胞类型”。 A) 方法一:输入关键词。 B) 方法:单击以从组织及其细胞类型列表中进行选择。


        第二步:输入感兴趣的疾病或性状。用户一次搜索最多只能选择 10 个。

点击“submit”,页面将转到“Multi-traits”和CSEA结果热图


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scExpression


       该页面提供组织和细胞类型级别的标准化基因表达信息。用户可以提交一个感兴趣的基因,页面将返回 68 项组织研究中每一项的平均 CPM 标准化基因表达的概述(条形图)。进一步单击感兴趣的组织条和条形图可以获取该组织中每种细胞类型的平均 CPM 标准化表达。绘图和表达式数据均可下载。


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Search


       功能支持对感兴趣的性状名称、组织和细胞类型进行搜索,返回页包括与关键字相关的所有可能的结果。