RPS：涉及液-液相分离的RNA综合数据库

液-液相分离 (LLPS) 是一种可逆过程，可推动无膜细胞器 (MLO) 的形成，例如核仁、P 体和应力颗粒。在 LLPS 过程中，包括蛋白质和 RNA 在内的许多生物分子聚集在一起形成生物分子凝聚物，这在许多生物过程的调节中起着关键作用，例如细胞应激反应、体内平衡维持和发育。同时，越来越多的证据表明，LLPS 的失调与多种疾病密切相关，例如肌萎缩侧索硬化（ALS）、额颞叶痴呆（FTD）、阿尔茨海默病（AD）、癌症以及传染病。

近年来，新出现的证据证明 RNA 在 LLPS 的调节中也具有基础性作用。人们已经认识到，RNA 在细胞核中充当缓冲液，在那里高浓度的 RNA 使 RBP 保持可溶。此外，RNA 可以在没有蛋白质的情况下进行相分离并促进或抑制相分离。与蛋白质类似，RNA 也可以作为生物分子组装的种子，例如 lncRNA NEAT1，它通过与其他 RBP 相互作用来构建副斑点，从而起到支架的作用。此外，大量研究表明依赖于 RNA 的缩合物受到各种 RNA 特性的严格调控，例如 RNA 序列、结构、RNA 修饰、RNA-RNA 相互作用和 RNA-蛋白质相互作用。研究表明相对长的转录本优先参与SGs的形成，SGs有更多的位点与RNA结合蛋白 (RBPs) 和/或 RNAs 可能发生相互作用。此外，与结构性较差的 RNA 相比，高度结构化的 RNA 可以重新排列蛋白质聚集体的组成，以便与蛋白质进行更多的相互作用。G-四链体 (GQ) 是一种特定的 RNA 三级结构基序，可以在体外生理条件下触发 RNA 相分离。RNA 修饰等其他特征在相分离中也很重要。例如，N6-甲基腺苷（m 6A) 作为最普遍的 mRNA 修饰，被认为是结合哺乳动物细胞中 YTHDF 蛋白的多价支架。此外，RNA 表达水平对于凝聚物的形成和维持是必不可少的。最近对凝聚转录组的研究表明，SGs 的组装依赖于哺乳动物和酵母细胞中翻译不佳的 mRNA 的凝聚。值得注意的是，据报道，突变会影响依赖于 RNA 的 LLPS。例如，C90orf72 基因中引起疾病的 G4C2 重复扩增已被证明可在体外和体内介导 LLPS。总的来说，RNA 中编码的这些特征赋予特定的凝聚物生物物理特性，这对于稳态中的凝聚物功能至关重要。

    许多研究已经关注了 RNA 在 LLPS 中的作用，但仍然没有关于 LLPS 相关 RNA 的综合数据资源。中山大学团队建立了一个液-液相分离的RNA综合数据库——RPS（http://rps.renlab.org），该数据库相关文章发表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），题名为：RPS: a comprehensive database of RNAs involved in liquid-liquid phase separation。该数据库包含 20 种不同的真核生物和病毒生物分子凝聚物中的 LLPS 相关RNA。RPS 包含21613个LLPS相关RNA，来源于文献挖掘、基于交互网络的高通量分析和预测。RPS 提供 LLPS 相关 RNA 和 LLPS 过程的基本信息，以及丰富的 RNA 注释，包括序列、RNA 二级结构、RNA-RNA/RBP 结合位点和修饰。