在肿瘤微环境中,由于基因表达和调控的微调,细胞表现出不同的细胞行为。 细胞特异性基因调控网络的识别将有助于我们了解单个细胞的疾病病理,进一步为精准医疗做出贡献。
为了根据“One Cell,One World”的观点打开疾病个性化表征的新大门,研究人员构建了综合数据库 LnCeCell,该数据库记录了来自25种癌症、细胞特异性 lncRNA 相关的 ceRNA 网络和基于高质量已发表的文献和单细胞基因组学数据的生物标志物。http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/
该数据库主要有以下7个分析模块,因为操作比较简单,所以接下来为您介绍其中的3个模块:
1. Cell Map
点击“CeRNA”,可以根据lncRNA/mRNA进行搜索;点击“Cell”,可以根据细胞类型进行搜索。结果页面的图片均可下载。
2. Cell Location
该模块可以查询ceRNA的亚细胞定位。红框标注的细胞器为该基因在细胞中的定位:
3. Cell Network
该模块可以对lncRNA的ceRNA网络进行可视化展示:
该数据库中收录的数据均可进行免费下载: