TISCH：肿瘤微环境的 scRNA-seq 数据库

TISCH：肿瘤微环境的 scRNA-seq 数据库

TISCH收集了人类和小鼠的肿瘤相关 scRNA-seq 研究，除了未经治疗的患者的数据集外，还包括那些接受过治疗的患者的数据集。该数据库在单细胞水平上提供详细的细胞类型注释，从而能够在不同的癌症类型中探索肿瘤微环境。

http://tisch.comp-genomics.org/

l  Dataset

该模块是根据癌症类型进行搜索。用户可以选择感兴趣的癌症类型、免疫细胞类型，然后选择是否接受过治疗/接收什么类型的治疗，选择转移或原位肿瘤，将在下方显示符合用户选择条件的数据集。点击“Compare”可以进行分析：

页面下方将显示UMAP图，在箭头所指处输入感兴趣的基因后进行搜索，将在右侧展示该基因的表达情况。

l  Gene

在该模块中，用户可以输入感兴趣的基因，然后选择癌症、细胞类型。最后根据用户的需求选择数据集，点击“Search”进行搜索。

将在页面下方显示热图，点击箭头所示处可以下载图片；点击左侧数据集名称将获得该数据集的小提琴图，以反映所有选定数据集中不同细胞类型的基因表达 (logTPM)。