GRNdb：基因调控网络数据库
栏目：最新研究动态
发布时间：2022-05-07
GRNdb是一个基于大规模 RNA-seq 数据以及已知的 TF- 各种人和小鼠条件的目标关系构建的、可免费访问且用户友好的数据库......
基因调控网络对于理解基因表达调控和表达异质性的机制至关重要。GRNdb是一个基于大规模 RNA-seq 数据以及已知的 TF- 各种人和小鼠条件的目标关系构建的、可免费访问且用户友好的数据库，用于方便地探索和可视化由转录因子（TF）和下游靶基因（称为调节子）形成的预测调控网络。需要注意的是，该数据库的所有预测结果只是基于高通量测序而非实验验证。
GRNdb：http://www.grndb.com/
l Search
“Exact Search”可选择物种分为人、小鼠两种。用户可以基于“Single-cell”选择不同组织类型，或者基于“Bulk”选择TCGA或GTEx的数据集；然后根据用户要求按照转录因子或调节子的Symbol/Entrez ID/Ensembl进行搜索。结果如下：
图片结果均可进行下载；数据结果可以点击下方“Download”下载csv格式文件。
“Comparison”可以对2种不同来源数据的调控关系进行比较。结果如下：
l Expression
输入感兴趣的基因，可以查询到在特定数据集中基因的表达情况：
l Survival
选择疾病类型后，输入感兴趣的基因，可以获得该疾病中基因的生存曲线：
