铁死亡调节因子和铁死亡疾病关联数据库：FerrDb V2

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铁死亡是一种调节性细胞死亡模式，其特征是脂质过氧化的铁依赖性积累。它与许多疾病的病理生理过程密切相关。铁死亡的机制复杂，主要与代谢、活性氧和铁调节有关。铁死亡与许多生理活动有关，如肿瘤抑制、免疫反应、发育和衰老，在多种疾病中普遍起着关键作用。铁死亡参与肺癌、乳腺癌、肝细胞癌、膀胱癌等的肿瘤发生、进展、转移和耐药性。铁死亡在非肿瘤性疾病中也起着关键作用，包括神经源性疾病、传染病、自身免疫性疾病、视网膜疾病和组织损伤。总的来说，铁死亡是疾病诊断、治疗和预后预测的新方法。

最近，广州医科大学附属脑科医院团队发布了新版铁死亡调节因子和疾病关系数据库——FerrDb V2（www.zhounan.org/ferrdb/），该数据相关文章发表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。FerrDb V2收录了从3288篇论文中搜集到的1001个铁死亡调节因子（264个驱动基因、238个抑制基因、9个基因标志物、110个未分类基因、201个激活剂，179个抑制剂）和143个铁死亡——疾病相互关系。与FerrDb V1相比，覆盖的论文数量增加了3倍，铁死亡调节因子的数量增加了1.75倍。FerrDb V2也整合了来自公共数据库的资源（如GTEx、TCGA、DepMap、GEN等），能更加方便的对目标基因进行多层次多角度的关联分析。

FerrDb V2拥有全新的用户界面、更好的交互性能、更高的数据质量，为研究人员提供了更丰富的数据资源和便捷的分析工具。首页中具有浏览、基因沉默、下载、提交和联合分析等下拉菜单选择研究内容，也可以直接进行搜索，方便用户选择。

在“浏览”模块中包含促铁死亡基因、抑制铁死亡基因、未知功能的铁死亡调节基因、铁死亡标志物基因、铁死亡激动剂、铁死亡抑制剂和铁死亡相关疾病七个子菜单。

在“基因沉默”下拉菜单中，提供了指向CRISPR和RNAi数据集的链接，它们可用于查询铁死亡基因调节因子的gRNA和shRNA序列。

FerrDb V2 还提供了有用的在线分析分析。它们位于“联合分析”下拉菜单中。它们可用于检查铁死亡基因调节因子的调控网络，进行基因集富集分析，以查找基因相关性，以检查 DEG 的景观，并浏览具有多种作用的基因调节因子。

每个铁死亡基因调节因子都有一个详细信息页面。单击表中的基因符号（例如MTOR）将打开其详细信息页面。 “描述”部分显示了有关该基因的基本信息。在“文献来源”部分，有关该基因的研究详细信息列在表格中，单击条目的“查看”按钮将显示该基因如何通过与其他生物分子相互作用来调节铁死亡的途径。还可以显示外部数据库的基因相关数据。

在“TCGA谱”部分，提供了转录组和蛋白质组学谱。对于转录组谱，与其他基因相比，基因的RNA水平和差异基因表达。对于蛋白质组学谱，显示了与其他基因相比该基因的蛋白质丰度。由于TCGA提供了参与者的随访数据，因此可以在“癌症预后”部分进行基因对癌症患者的生存分析。

“富集分析”实用程序可用于测试给定的基因列表是否在任何基于过度代表性或 GSEA 分析的铁死亡调节因子集中进行统计富集。“DEG景观”实用程序可用于同时检查疾病中所有铁死亡基因调节因子的整体差异表达。 “相关性分析”实用程序可用于分析两个基因之间的相关性以及一个基因的两个组学谱之间的相关性。

阻断铁死亡可能作为OA治疗的替代治疗策略。我们下载这些 OA DEG，按 log2 倍变化对它们进行排序，然后将它们输入到输入面板的“基因列表”文本区域中。我们进行了过度代表性和GSEA分析。从图中可以看出OA DEG在铁死亡中显着富集。

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