蛋白质是细胞的结构、功能和进化单元。在它们的表面,蛋白质被塑造成许多凹陷和突起,为配体结合和催化提供独特的微环境。这些空腔的动力学、大小和化学性质对于蛋白质功能的机制理解至关重要。
CaviDB,一个关于已知蛋白质结构中空腔及其特征的新数据库。它将常用空腔检测软件的结果与序列、结构和功能分析得出的蛋白质特征相结合。CaviDB中的每一种蛋白质都与其相应的构象体相连,这也有助于研究空腔中的构象变化。
https://www.cavidb.org/
CaviDB的使用很简单,只需提供蛋白的PDB ID、UniProt ID、UniProt条目名称或Alphabold ID,数据库将自动加载与搜索相关的所有链及其一般数据,包括它们的长度、预测的腔数和相关的交叉引用标识符。以P42898为例:
点击眼睛跳转至该条目的详情页,包括:
1. 蛋白及对应基因的ID、蛋白结构展示:
2. Druggable腔(Druggability score>0.5)用图标标记,并且可以通过位于序列可视化之前的按钮进行选择或取消选择。
每个条目的主要结构可以以两种不同的表示形式显示:字母汤和类似周期表的可视化。
3. 蛋白详细描述