scBrainMap:大脑中细胞类型和相关遗传标记的景观

栏目:最新研究动态 发布时间:2023-08-21
得益于单细胞转录组技术,scBrainMap建立了一个针对几个物种的脑细胞类型和相关遗传标记的数据库......


       脑细胞类型的多样性是神经元回路的基本组成部分。现代神经科学的一个主要目标是破译各种类型的细胞组成并表征其特性。由于神经元细胞的高度异质性,直到最近,还不可能以高分辨率对脑细胞类型进行分组。得益于单细胞转录组技术,scBrainMap建立了一个针对几个物种的脑细胞类型和相关遗传标记的数据库。该数据库包含4881种细胞类型。scBrainMap使用户能够针对不同的感兴趣细胞类型执行定制的、交联的、生物学相关的查询。
       https://scbrainmap.sysneuro.net/#/home

  • Cell types

       用户可以搜索目标基因以找到其潜在信息,也可以选择物种来筛选标记并查看进一步的信息,还可以使用不同类型的标记基因选择:


       点击感兴趣的物种及其细胞类型后将在页面下方展示所有结果,接下来可以通过选择特定的细胞/疾病等信息进行结果筛选:


       继续点击某一特定细胞类型,将跳转至该细胞的详情页,可以浏览该细胞的数据来源、top20的marker基因:

  • Brain regions

       用户可以选择感兴趣的物种来寻找不同大脑区域的遗传标记,也可以点击不同的大脑区域来筛选它们的细胞类型:


       以“Human”为例,在图中点击感兴趣的区域即可在下方显示细胞类型信息:

  • Conditions

       用户也可以通过选择发育阶段或疾病类型来寻找遗传标记:


       以“Disease”为例,在左侧栏选择物种后,点击感兴趣的疾病类型,即可浏览下拨类型信息: