PLBD: 蛋白质-配体结合数据库

       PLBD包含描述蛋白质-小分子化合物（配体）相互作用的热力学和动力学数据。热力学参数不仅包括亲和力，还包括结合标准焓的变化。相互作用的化合物是多种多样的，但通常通过药效基团相关，该药效基团控制与一系列高度相关的蛋白质、同工酶或突变体的相互作用。PLBD主要研究两类蛋白质，人类Carbonic Anhydrase和热休克蛋白。
       该数据库旨在成为科学家寻找和存储蛋白质-配体相互作用的热力学、动力学和结构参数的通用平台。PLBD描述了与共晶结构结合的热力学参数，这将有助于用于治疗目的的新型化合物的计算机设计。
       https://plbd.org/db/

       从数据库结构上讲，PLBD由数据表（样本、实验和其他）和视图组成。视图显示从主数据表派生的计算参数和其他信息。如下图所示，箭头表示结构数据单元之间信息交换的方向。

• Protein- Compound

       第一组表格描述了化合物和重组蛋白。关于蛋白质和化合物的信息在与其对应批次的单独表格中列出

       点击“Protein”跳转至详情页，展示包括蛋白ID、来源样本、蛋白氨基酸序列在内的信息：

       点击“Protein label”跳转至特定蛋白详情页：

• Experimental

       实验表以多对一的方式与批次表相关，批次表也与蛋白质和化合物表呈多对一关系，这意味着每个结合实验将与单个批次的蛋白质和配体相关。

       点击实验中的任意一项实验，跳转至详情页：

• intrinsic parameters

       这组表格包含蛋白质与化合物（配体）相互作用的热力学和动力学数据。

       根据用于确定特定相互作用的技术，实验测量的参数列在单独的表格中：TSA、ITC、SFA和SPR。除此之外，数据库还包含蛋白质和配体质子化参数表（pKa和∆Ha）。