scLiverDB：肝脏单细胞转录组数据库

       肝脏是一个重要的器官，具有广泛的代谢功能和许多独特的免疫特性。在解剖学上，人的肝脏由4个叶组成，小鼠的肝脏由5个叶组成。肝小叶是肝脏的基本结构单元。肝小叶中的血液从门脉和肝窦网络流向中央静脉。高度结构化的分带构建了一个梯度代谢微环境，促进氧气摄入、检测和清除感染，并吸收氮和激素。在免疫学中，肝脏富含丰富的常驻免疫细胞，这些免疫细胞以各种模式分布在肝细胞和门脉周围，可以从血液中募集免疫细胞。由于肝脏是一个免疫耐受器官，它不仅对肠道中的病原体和微生物群敏感，而且经常发生原发性肿瘤和转移。因此，促进细胞群体在肝脏再生、生理、疾病和癌症方面的研究迫在眉睫。
       近日，华中科技大学武汉光电国家研究中心张智红教授团队在Small Methods期刊（12.4）上发表了题为“scLiverDB: a database of human and mouse liver transcriptome landscapes at single-cell resolution”的研究论文。scLiverDB（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/liverdb）是人类和小鼠肝脏的单细胞转录组数据库，用于在单细胞水平揭示肝脏各种疾病、多种细胞类型以及不同发育阶段的肝脏细胞组成、细胞异质性和基因表达情况。

       scLiverDB当前版本收集两个物种（人和小鼠），62个数据集，9050个样品，11种肝脏疾病类型，9种单细胞建库平台，以及23个肝脏发育时间点数据，共计1741734个高质量细胞的单细胞转录组数据，其中，1071108个人类肝脏细胞；670626个小鼠肝脏细胞。在人类肝脏中鉴定出115种细胞类型，在小鼠肝脏中鉴定出45种细胞类型。11种疾病类型，包括正常、损伤、细菌感染、急性肝衰竭、非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）、肝纤维化、肝硬化、肿瘤干细胞（CSC）、肝内胆管癌（iCCA/ICC）和肝癌（HCC）；9个文库平台，包括10X Genomics、SMART-seq、Smart-seq2、Microwell-seq、mCEL-Seq2、STRT-seq、Fluidigm C1、indrop和MARS-seq。

       scLiverDB主要包括五个模块功能:
       1）数据集多样性：数据库收集了幼年和成年人与小鼠多种疾病类型与癌症的数据，并进行统一分析，细胞注释使用SingleR和手动结合的方法，更加准确地获得细胞类型。用户可以在网站上搜索不同疾病（肝损伤、肝硬化、肝纤维化和非酒精性脂肪肝）或癌症（HCC、CSC和iCCA）状态下基因在不同细胞中的表达情况。
       2）数据集对比：数据库提供两个不同数据集之间的对比，不同数据集间的基因表达差异。
       3）表达模式分析：数据库对有时间信息的数据集进行了表达模式分析，用户可以查看出不同时间的基因表达变化。
       4）差异表达分析：数据库提供了正常和疾病状态下的肝脏基因表达差异搜索功能，可视化不同疾病状态下肝脏的基因表达变化。
       5）数据可视化：数据库对数据集进行密度图、热图、气泡图、散点图和基因表达聚类图五种展示，便于用户选择自己需要的可视化形式进行展示。