国自然热点RNA修饰数据库介绍：RMDisease V2.0

       高通量测序的进步揭示了基因组中数百万个单核苷酸变异（SNV）。同义变异可以通过表观遗传调控影响基本的生物学功能。迄今为止，已经检测到超过170种不同类型的转录后RNA修饰（RM），这些修饰发生在不同类型的RNA上，并调节RNA生命的几乎每个阶段。新出现的证据表明，改变状态的失调与多种人类疾病有关，包括癌症、神经系统疾病。RM也被证明在调节tRNA和线粒体RNA的功能中发挥重要作用。真核和原核tRNA中的2′-O-甲基化（Nm）等共价修饰可以抑制先天免疫反应。据报道，线粒体RM在转移性癌症中形成代谢可塑性，5-甲基胞嘧啶（m5C）及其衍生物5-甲酰基胞嘧啶（f5C）在线粒体转录组上的特定位置可能是转移的潜在治疗靶点。

       RMDisease v2.0（http://www.rnamd.org/rmdisease2/）通过整合873819个实验验证的修饰位点和总共146396315个遗传变异，RMDisease v2.0报告了总共1 366252个RM相关变体。这些变体可能影响16种类型的RM的修饰位点N6甲基腺苷（m6A）、5-甲基胞嘧啶（m5C）、N1甲基腺苷（m1A）、5甲基尿苷（m5U）、假尿苷（Ψ）、N6， 2′-O-二甲基腺苷（m6Am）、N7甲基鸟苷（m7G）、腺苷转肌苷（a-to-I）、N4乙酰胞苷（ac4C）、2-O-甲基化（Am），涉及在20个物种（人类、小鼠、大鼠、斑马鱼、玉米、果蝇、酵母、裂变酵母、拟南芥、水稻、鸡、山羊、绵羊、猪、牛、恒河猴、番茄、黑猩猩、绿猴。

       RMDisease v2.0拥有用户友好的Web界面，使用户能够有效地查询，进行自定义搜索，并从数据库中快速下载所有收集到的RM相关变体。此外，还又两个新的实时数据分析模块，并在网络界面上展示，即VarFinder和富集分析工具。
查询
       RMDisease v2.0 提供了两种模式来查询所有收集的 RM 相关变体。用户可以通过选择物种和修饰类型来查询数据库。查询结果还提供了用于可视化全局数据分布的统计图。
搜索
       在RMDisease v2.0中，提供了五种搜索选项：基因，染色体区域，RS ID，疾病表型和性状关联。用户可以通过添加多个过滤器（例如修饰类型、基因类型和功能注释）来进一步筛选结果。
疾病和性状关联
       RMDisease v2.0 中收集的疾病和性状关联可以通过两种方式导出。（i） 用户可以首先按其修改或感兴趣的物种查询数据库，然后从相应的过滤列中单击“GWAS”、“ClinVar”或“性状”按钮。（ii）如果用户对特定疾病或表型感兴趣，可以通过搜索框下的“疾病”和“性状”选项查询关键字。查询将返回有关特定特征的相关数据的完整列表。
增强的分析工具
       RMDisease v2.0引入了两个数据分析模块。（i）富集分析：计算用户提供的33种TCGA癌症类型和16种修饰类型的人类变异的统计意义和倍数富集。（ii）VarFinder：计算用户上传的变异列表与16种RNA修饰之间的关联。用户可以上传感兴趣的变体列表，以评估它们对特定 RM 站点的潜在影响。