M6AREG：以 m6A 为中心的疾病发展和药物反应调节数据库

        作为真核生物RNA中最普遍的内部修饰，N6-甲基腺苷（m6A） 在细胞增殖、代谢稳态、胚胎发育等中发挥重要作用。随着研究兴趣的迅速增加，m6A在心血管疾病、流行性感冒、胃肠炎、肝纤维化、糖尿病和癌症等多种疾病的发生和发展中起着至关重要的作用，越来越受到人们的关注。此外，发现各种类型的m6A调节通过介导靶基因的表达来影响药物在相应疾病中的反应。换言之，m6A对疾病发展和药物反应的调节已成为近年来最有前景的方向之一，并且已经进行了各种研究来揭示调节的分子机制（由甲基转移酶、去甲基酶和m6A结合蛋白的调节因子介导）。

        上述研究为研究人员在（i）病理学和病理生理学的不同方向积累了有价值的数据，阐明了m6A修饰在疾病发生/进展中的重要作用，（ii）促进发现新的治疗靶点和诊断/预后生物标志物的临床实验室诊断，以及（iii）促进发现m6A在确定药物敏感性和新药及药物组合设计方面的机制的药物生物化学和药物设计。因此，至关重要的是要有一个数据库，提供以m6A为中心的调节对疾病发展和药物反应的影响的数据，以及每种调节的分子机制。

        在此，开发了一个名为“M6AREG”的新数据（https://idrblab.org/m6areg/），以（i）首次系统地涵盖以m6A为中心的调节对疾病发展和药物反应的影响的数据，（ii）明确描述每种类型调节的分子机制，以及（iii）通过与现有数据库的链接，充分参考收集的数据。由于积累的数据对不同学科（如病理学和病理生理学、临床实验室诊断、药物生物化学和药物设计）的研究人员有价值，预计M6AREG将对未来进行基于m6A的调控研究产生许多影响。

        M6AREG中调节因子的描述和统计包括调节因子名称、同义词、基因名称、序列、蛋白质家族、生物功能、调节因子类型、该调节因子的潜在靶基因的完整列表。某个m6A调节器的潜在靶点是基于从GEO收集的转录组学研究发现的，如RIP seq、CLIP seq、eCLIP-seq、PARCLIP seqiCLIP seq和RNA-seq。对于每种调节因子及其靶标，还描述了详细的信息，如基因名称、实验方法、折叠变化、细胞系。M6AREG数据库的调节器页面中还提供了每个m6A调节器的机制图，其中包括其在m6A修饰中的作用、与其他调节器的相互作用、靶基因等的代表性信息。提供了由该调节器介导的实验验证的疾病发展和药物反应的完整列表，还提供了详细信息，如m6A调节模式、体内/体外模型和途径。

        总之，据报道，通过靶向469个细胞系中的317个RNA，14个m6A甲基转移酶参与了57种疾病的发展，并且通过靶向335个细胞系模型中的164个RNA，发现两个m6A去甲基转移酶参与了49种疾病的发生。对机制的研究表明，m6A甲基转移酶和去甲基转移酶分别通过调节89和64条信号通路（如凋亡、mTOR信号和核苷酸切除修复）来调节不同的细胞过程（如细胞周期和免疫）。这些调节剂极大地影响了多种药物（如顺铂和索拉非尼）的疗效。此外，通过靶向391个细胞系中的217个RNA，鉴定出15个m6A结合蛋白参与了41种疾病的发展，这些RNA积极参与73种信号通路，并显著影响多种药物的反应。