造血系统是脊椎动物最具特征的发育系统之一,是成体干细胞多谱系分化的模型系统。造血干细胞(HSC)通过其自我更新或分化为成熟细胞类型的能力来维持循环血细胞的产生。最原始的HSC具有多谱系潜力,但会产生谱系限制增加的祖细胞。然而,控制人类成年HSC及其后代身份的基因调控网络的组成部分和层次结构,以及它们在白血病细胞中被劫持或重新激活的机制,仍不完全清楚。
谱系决定转录因子(TF)及其结合和调节的基因组区域是控制细胞身份的关键组成部分。了解转录因子如何在造血干细胞和祖细胞分化过程中相互合作并与其他基因组调节因子相互作用以调节基因表达,是提高我们对正常血液发育以及这些过程在白血病中如何被破坏的理解的关键。
BloodChIP-Xtra是一个用户友好的数据库,有助于全基因组探索和可视化罕见的原代人类造血干细胞(HSC-MPP)和祖细胞(CMP、GMP、MEP)以及急性髓系白血病(AML)细胞系(KG-1、ME-1、Kasumi1、TSU-1621-MT)中的转录因子(TF),以及来自这些和原发性患者AML的染色质可及性和基因表达数据。用户可以导出所有查询以及完整的数据库,以便进行进一步的数据分析。 http://bloodchipxtra.vafaeelab.com/
l SEARCH-按照基因名
首先,选择需要展示的转录因子和表观修饰基因,以及细胞类型:
然后,数据基因列表,格式如下:
点击“Search”进行搜索后,结果会在下方进行展示:
点击结果中的蓝色字体可以查看该结果下的详细信息,如“TF”:
点击下方的“Export XXX”即可将搜索结果以csv格式进行下载。
II SEARCH-按照转录因子
除根据基因名进行搜索,还可以根据转录因子进行搜索。点击“Add Filter”添加感兴趣的基因后,点击“Apply Filter”:
结果中将展示由以上转录因子调控的所有基因: