ncRNADrug：与耐药性相关的ncRNA数据库

         癌症是全球死亡的主要原因，对人类健康构成严重和长期的威胁。化疗仍然是癌症患者的一线治疗方法。然而，耐药性的出现会显著影响化疗的疗效，并最终导致治疗失败和复发。癌细胞通过各种机制产生对药物的耐药性，例如药物外排、DNA 修复等。越来越多的证据表明，非编码RNA（ncRNA），尤其是microRNA（miRNA）、长链非编码RNA（lncRNAs）和环状RNA（circRNAs），在调控多种癌症的发生和发展中起着至关重要的作用，并且与耐药性密切相关。例如，miR-149-3p 通过靶向CDKN1A 和TIMP2 促进卵巢癌的顺铂耐药性。此外，ncRNA的扰动可以直接或间接影响下游靶点和信号通路，使ncRNA成为一类新的药物靶点。例如，索拉非尼介导一组人癌细胞系中 lncRNA GAS5、HOTTIP 和 HOXA-AS2 的失调。

         由于 ncRNA 在调节耐药性方面的重要性，已经开发了多个收集 ncRNA 与药物之间关联的数据库，包括我们之前开发的 SM2miR、D-lnc和ncDR，以及其他数据库，例如 miREnvironment和 NoncoRNA。然而，这些数据库往往主要关注一种类型的关联，即药物反应或药物靶点。没有一个数据库能够系统地将这两种类型的关联与最新数据集成在一起。因此，构建与耐药性相关的ncRNA、药物靶向的ncRNA以及治疗耐药性癌症的潜在药物组合的集中资源是必要且非常可取的。为了填补这一空白，开发了ncRNADrug，它收集了ncRNA和药物的策划和预测关联。

         截至目前，ncRNADrug（http://www.jianglab.cn/ncRNADrug）包含29551个条目，涉及与9195种药物耐药相关的2248个ncRNA（4145个miRNA、2802个lncRNA和266个circRNA），以及32 969个条目，涉及10种药物靶向的480 4338个ncRNA（6087个miRNA、55个lncRNA和965个circRNA）。进一步的分析表明，ncRNA和药物之间的关联可能因特定条件而异，例如不同的疾病、细胞系和物种。例如，lncRNA CRNDE促进结直肠癌细胞对奥沙利铂的耐药性，而减弱胃癌对奥沙利铂的耐药性。地塞米松可以上调前列腺癌中 lncRNA GAS5 的表达，而下调糖尿病中 GAS5 的表达。在预测条目方面，ncRNADrug包含624 246个条目，涉及与134种药物耐药相关的201 3601个ncRNA（32个miRNA、892 97个lncRNA和708 5588个circRNA），以及285 100个预测条目，涉及61种药物靶向的602 5423个ncRNA（36个miRNA、814 19个lncRNA和365 1303个circRNA）。表1和图S1、S2总结了沉积在ncRNADrug中的结果。

         此外，还将经过实验验证的数据集数量和ncRNADrug的功能与常用数据库进行了比较（表2和图S3）。在药物应答方面，ncDR提供精选和预测的耐药性相关 ncRNA，但不包括 circRNA。NoncoRNA仅提供精心策划的关联，大多数 ncRNA 和药物均包含在 ncRNADrug 中。在药物靶标方面，miREnvironment策划并收集了实验支持的 miRNA 和环境因子相互作用及其相关表型。然而，药物只是miREnironment中包含的环境因素的一小部分，药物信息尚未映射到DrugBank等标准数据库中的药物。

         药物组合被认为是克服耐药性和提高癌症治疗效果的一种有前途的疗法 。例如，BRCA1 和 BRCA2 在 DNA 损伤修复中发挥关键作用，PARP 抑制剂 （PARPi） 被认为是 BRCA1/2 种系突变患者的可能治疗剂。然而，BRCA1/2 的基因内缺失和基因逆转已被证明会改变 BRCA1/2 突变细胞对 PARPis 的敏感性。Michal 等人表明，伏立诺他微摩尔浓度可导致 BRCA1 水平显著降低，并导致各种癌细胞系对 ABT-888 （PARPi） 的敏感性增加。此外，累积的证据表明，失调的 ncRNA 是产生耐药性的重要调节分子。因此，我们开发了一种新功能，以帮助研究人员探索可以逆转“结果”页面上与耐药性相关的ncRNA表达失调的致敏剂。在这里，我们展示了如何使用以下示例识别耐药lncRNA，获取影响lncRNA表达的药物，并探索潜在的药物组合，这可能有助于用户产生新的假设以进行进一步的实验验证。