RNA测序鉴定新的lncRNA作为结直肠癌的诊断标志物1
RNA测序鉴定新的lncRNA作为结直肠癌的诊断标志物1
长链非编码RNA（lncRNA）虽然已经被应用到人体病理学中，但是其在结直肠癌发生过程中的功能作用却还不完全清楚。为了研究lncRNA在结直肠癌发生过程中的所发挥的作用，作者通过RNA测序的方法分析3对结直肠癌和配对正常粘膜组织的全转录组。结合TCGA数据集，作者鉴定出了27个表达上调的和22个表达下调的lncRNA。并采用RT-PCR验证了4个表达上调的lncRNA（CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4）在139个结直肠癌组织和配对的正常粘膜组织中的表达。在结肠癌细胞中敲除CRCAL-3和CRCAL-4，能降低细胞活性和克隆形成能力，诱导细胞周期停滞。通过对TCGA的结肠癌数据进行分析，作者发现CRCAL-3和CRCAL-4与细胞周期相关，并利用RNA测序数据构建了差异表达的lncRNA和mRNA的共表达网络图。
技术路线图：
研究结果：
图1 RNA测序（左图）和TCGA结肠癌数据（右图）的热图分析。
图2 RT-PCR 验证CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4在139个结直肠癌组织中的表达。
图3 在结肠癌细胞HCT116和SW620中敲除CRCAL-3和CRCAL-4后，检测对细胞的的影响。
图4 利用TCGA数据集分析CRCAL-3和CRCAL-4，并构建RNA测序得到的差异lncRNA和mRNA的共表达网络图。
1.Yamada, A., P. Yu, W. Lin, et al., A RNA-Sequencing approach for the identification of novel long non-coding RNA biomarkers in colorectal cancer. Sci Rep, 2018. 8(1): p. 575.
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