RNA测序鉴定新的lncRNA作为结直肠癌的诊断标志物1
栏目:最新研究动态 发布时间:2018-03-29
长链非编码RNA(lncRNA)虽然已经被应用到人体病理学中,但是其在结直肠癌发生过程中的功能作用却还不完全清楚。为了研究lncRNA......

RNA测序鉴定新的lncRNA作为结直肠癌的诊断标志物1
 
长链非编码RNA(lncRNA)虽然已经被应用到人体病理学中,但是其在结直肠癌发生过程中的功能作用却还不完全清楚。为了研究lncRNA在结直肠癌发生过程中的所发挥的作用,作者通过RNA测序的方法分析3对结直肠癌和配对正常粘膜组织的全转录组。结合TCGA数据集,作者鉴定出了27个表达上调的和22个表达下调的lncRNA。并采用RT-PCR验证了4个表达上调的lncRNA(CRCAL-1,CRCAL-2,CRCAL-3和CRCAL-4)在139个结直肠癌组织和配对的正常粘膜组织中的表达。在结肠癌细胞中敲除CRCAL-3和CRCAL-4,能降低细胞活性和克隆形成能力,诱导细胞周期停滞。通过对TCGA的结肠癌数据进行分析,作者发现CRCAL-3和CRCAL-4与细胞周期相关,并利用RNA测序数据构建了差异表达的lncRNA和mRNA的共表达网络图。
 
技术路线图:

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
研究结果:

图1  RNA测序(左图)和TCGA结肠癌数据(右图)的热图分析。
 

图2  RT-PCR 验证CRCAL-1,CRCAL-2,CRCAL-3和CRCAL-4在139个结直肠癌组织中的表达。

图3  在结肠癌细胞HCT116和SW620中敲除CRCAL-3和CRCAL-4后,检测对细胞的的影响。

图4  利用TCGA数据集分析CRCAL-3和CRCAL-4,并构建RNA测序得到的差异lncRNA和mRNA的共表达网络图。
 
1.Yamada, A., P. Yu, W. Lin, et al., A RNA-Sequencing approach for the identification of novel long non-coding RNA biomarkers in colorectal cancer. Sci Rep, 2018. 8(1): p. 575.

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